最近有人在問我，想要用ImageJ來測物體的最大粒徑和最小粒徑。
我先以最大粒徑來說明，因為這直接用Imagej的功能就可以了，不用加外掛。
假設你要測的是這個血液抹片裡紅血球的平均最大粒徑，先設定
Analyze/Set Measurements...
把Feret's Diameter 打開
紅血球圖片作二位元的處理（記得事前要先作比例尺校正，我這個例子省略了這部份）
Process/Binary/Make Binary
變成黑白之後，再分析粒子
Analyze/ Analyze Particles...
Size 我設定由10-無限大，所以面積在10以下的小顆粒忽略不計。這裡要設定多少，得看你圖的性質而定。
Circularity，設定0.70-1.00，所以不夠圓的(0.6以下)不估計。這是因為照片裡有很多紅血球都重疊在一起，如果連那些一起算，那又會高估最大粒徑，所以我只算那些獨立存在的紅血球。
分析之後的三個視窗，左邊那個A是被分析的樣本，有納入的都有被框起來，並且被標號。
Results裡是149顆紅血球的各個最大粒徑，summary裡是平均的最大粒徑。（注意：這個沒有作校正，所以這裡的長度只是像素值）
如果你是要手動作計算，你要花多久時間？不過用Imagej來作，不用30秒就完成了。
更新：不知道哪一版開始，Imagej的Feret已經有測量最小徑的功能了，都是用以上同樣的方式去設定，最後在Results就會有MinFeret的欄位，那就是最小徑。所以不需要再裝以下的外掛了，其實底下的外掛都已經掛掉了，所以你要裝也是沒辦法裝的。
如果你除了最大粒徑以外，還要計算最小值，那麼就要加Rotating Callipers這個外掛了。
一個是可以安裝這裡的macros
http://doube.org/macros.html
或是這裡的plugins
http://doube.org/plugins.html
我用macros來說明，到上面的網頁把macros下載到電腦，它是個文字檔。
安裝方式：plugins/install
這樣在底下就會出現一個Rotating Callipers
使用方式，一種是把你要分析的粒子或細胞，一個一個用點選工具累積選取。然後去選擇Rotating Callipers。
另外一種是在前面的分析過程中，在下面這個步驟把左下角的Add manager打勾
分析完會出現ROI manager，到ROI manager把裡頭出現的那些的粒子都選取，點下Rotating Callipers，這樣就會出現最大粒徑和最小粒徑的值了。
我先以最大粒徑來說明，因為這直接用Imagej的功能就可以了，不用加外掛。
假設你要測的是這個血液抹片裡紅血球的平均最大粒徑，先設定
Analyze/Set Measurements...
把Feret's Diameter 打開
紅血球圖片作二位元的處理（記得事前要先作比例尺校正，我這個例子省略了這部份）
Process/Binary/Make Binary
變成黑白之後，再分析粒子
Analyze/ Analyze Particles...
Size 我設定由10-無限大，所以面積在10以下的小顆粒忽略不計。這裡要設定多少，得看你圖的性質而定。
Circularity，設定0.70-1.00，所以不夠圓的(0.6以下)不估計。這是因為照片裡有很多紅血球都重疊在一起，如果連那些一起算，那又會高估最大粒徑，所以我只算那些獨立存在的紅血球。
分析之後的三個視窗，左邊那個A是被分析的樣本，有納入的都有被框起來，並且被標號。
Results裡是149顆紅血球的各個最大粒徑，summary裡是平均的最大粒徑。（注意：這個沒有作校正，所以這裡的長度只是像素值）
如果你是要手動作計算，你要花多久時間？不過用Imagej來作，不用30秒就完成了。
更新：不知道哪一版開始，Imagej的Feret已經有測量最小徑的功能了，都是用以上同樣的方式去設定，最後在Results就會有MinFeret的欄位，那就是最小徑。所以不需要再裝以下的外掛了，其實底下的外掛都已經掛掉了，所以你要裝也是沒辦法裝的。
一個是可以安裝這裡的macros
http://doube.org/macros.html
或是這裡的plugins
http://doube.org/plugins.html
我用macros來說明，到上面的網頁把macros下載到電腦，它是個文字檔。
安裝方式：plugins/install
這樣在底下就會出現一個Rotating Callipers
使用方式，一種是把你要分析的粒子或細胞，一個一個用點選工具累積選取。然後去選擇Rotating Callipers。
另外一種是在前面的分析過程中，在下面這個步驟把左下角的Add manager打勾
分析完會出現ROI manager，到ROI manager把裡頭出現的那些的粒子都選取，點下Rotating Callipers，這樣就會出現最大粒徑和最小粒徑的值了。
