阿簡生物筆記

黑板，是老師神聖不可侵犯的領域。 小時候，有權力在黑板上寫字的除了老師以外，就只有風紀股長和負責抄聯絡簿的同學了。那時候，誰只要拿粉筆在黑板上畫圖，就會風紀股長記上一筆。當時可從來沒想過，以後居然要靠著這個綠色的板子和粉筆糊口。 從小學生到研究生都一樣，長得越大，越不敢到到黑板上寫字。為什麼怕？因為怕「錯」，怕丟臉。 其實，表現自己是一件令人愉悅的事情，不該被添加太多壓力。 在教「動物界」的最後，就請全班同學們上台把動物界的生物畫上來吧，不要畫別人畫過的生物種類喔，這也是個複習的機會。 畫圖沒那麼難，勾勒幾筆，我們就能了解你想表達的是什麼。 這裡的生物，我想95%以上你都會認得。

去年12月9日的時候，917的學生在我桌上放了一個花盆，花盆上罩了個網子，裡頭似乎有生物活動。 打開來一看，嚇~好肥的幾隻蟲啊，看到尾部有小小的突起，我知道這是天蛾科的蟲。 找來學生一問，這是在他家的日日春上看見的肥蟲，根據特徵查查，原來是夾竹桃天蛾。 看起來有超大的藍眼睛，實際上的眼睛卻小的可以。 拿去實驗室用量體重，7、8公克左右 08/12/15 開始結蛹了，旁邊是蛻下的終齡幼蟲的皮 09/01/28  結蛹之後過了一個半月才羽化，我差點以為它們都掛了。粗心的我沒有提供牠們羽化時的站立點，導致有隻的翅膀皺掉了。 其實以下才是我要講的重點，看著幼蟲身上的美麗顏色，我想牠們在紫外線下會有特殊顏色。 帶去實驗室一照，果然在胸部有螢光 另外是在尾部的三角區域有螢光 一般光源底下看不見這些螢光標記 一些 文獻 提到幾種日行性和夜行性的天蛾，牠們對三種波段的光特別敏感，分別是紫外線、藍光和綠光。 這些幼蟲身體前段和後段的螢光，在紫外線的視覺下，應該是種特別的標記，而這種標記的作用是什麼？ 我想到一個假設，也許這些標記是雌蛾在選擇產卵植物時的指標？能夠讓雌蛾知道這個植物上已經有很多肥滋滋的小肉腸在吃了，所以別再過來產卵了，你是搶不贏的。 如果這個假設是成立的，那麼若是用防曬乳液遮掩幼蟲的螢光標記，那麼雌蛾的產卵率也許會提高。 相反的，如果製作一些人工幼蟲，上面標上螢光標記，放在植物上，也許就能減少雌蛾來產卵？ 如果我的學生有興趣，倒是可以實驗看看，是不是真如這個假設所言。

你家附近的南洋杉結毬果了嗎？ 四月底的時候，帶學生作校園 植物尋寶 的時候，有學生從地上撿起了一個奇怪的小東西 我這才發現原來學校的南洋杉上頭居然長了好多雄毬果啊！ 後來，教理化的鄭老師問起「學校的南洋杉是開花了嗎？」他在學校這麼久，從來沒看過耶。他還說，服務三十多年退休的詹團長也從來沒看過呢！ 除了學校以外，宣如老師也說十八尖山上面的南洋杉也結毬果了。 哦？這可有趣了，還有哪裡的南洋杉也結毬果了呢？我想知道這個答案，誰會告訴我？ 答案就是「用部落格紀錄生活的部落客們」！ 我用 Google網誌搜尋 找兩種關鍵字「南洋杉 開花」和「南洋杉 毬果」，以下是目前找到的一些紀錄。 地點：台北北投 文章日期：2009/05/01 無奇不有的校園 地點：未知 文章日期：2009/05/26 開花了！肯氏南洋杉 地點：高雄 文章日期：2009/05/10 松果~~ 地點：未知 文章日期：2009/05/21 猜猜什麼 地點：澄清湖 文章日期：2009/05/26 澄清湖小扎 地點：未知 文章日期：2009/05/10 300/week 感謝以下網友的告知，好多都在結啊 台中美術館附近-Yukie 台東都蘭-羅賓 鹿港-9521028 台中二中-阿丸 彰化-BlackKingK 高雄中山大學-羅賓 永和永平高中-風兄 新竹培英國中-貝貝拉 似乎是以前不常結毬？為什麼今年從北到南都結毬果了呢？氣候變化？還是它們都是同一個來源？ 6/2新增 今天晚上去荒野聽演講，遇見竹女的月梅老師，忍不住跟她打聽，她們學校的南洋杉有沒有結毬果。 沒想到她說，「結了，最近幾年都在結啊！」 哇~所以這代表什麼呢？是不是夠老就會開始結呢？如果是這樣，那麼是不是明年開始我們學校的也會結呢？

我在 前一篇 提到了一個好用的imageJ plugin 叫做Threshold_Colour。是可以取出影像中某些特定顏色，加入threshold，然後作進一步分析 plugin來源是： http://www.dentistry.bham.ac.uk/landinig/software/software.html 下載後解壓縮，放在plungins資料中，開啟Imagej之後就可以在plugin的選單中找到Threshold_Colour 凱閔醫師一年前向我詢問「想要計算影像中某種特定顏色的面積」，當時我的想法是手動圈選，不過現在有了Threshold_Colour，事情可以簡單很多。 開啟影像之後，再開Threshold_Colour這個plugin 調整Hue、Saturation和Brightness的拉桿值，讓左方影像只留下想要分析的部份。 勾選Threshold之後，在呈現黑白的影像中按右鍵複製一份黑白圖 再將複製後的圖片轉成8-bit，方法是Image/Type/8-bit 再來Image/Adjust/Threshold 使欲分析的區域呈現紅色 再來用Analyze/Analyze Particles 根據所需條件勾選，這裡我用預設值就行了 最後出現的結果，就是我要求得的面積。 特別注意的是，這張圖我沒有先作比例尺校正，所以出現的單位都是像素值。 比例尺校正的方式，可以看之前的 post 。

前幾天一個學生寫信問我這樣一個問題 阿簡老師你好： 我是動科系（舊名畜產系）的學生，最近老師讓我們用小鼠做生理學的實驗。我們 做的實驗是測驗雌鼠去勢之後對肥胖代謝的影響。 然後結果的觀察有一部分是在實驗結束後取出肝來觀察。我正常的肝會是血紅色，脂肪肝會偏黃色。脂肪肝程度越高，顏色會越淡越黃。 請問老師知道image J有辦法做類似色譜分析（紅色多少％、黃色多少％、藍色多少％之類的）的工作，來量化比較樣本的外觀脂肪肝程度 謝謝老師 詠文上 ImageJ做得到嗎？當然可以，它可是地球上最強的生物醫學影像處理軟體呢！不過怎麼用呢？ 我google了一下，找到了這份文件 Colour Analysis Tools in ImageJ 這裡頭可是介紹了不少分析顏色的方式呢！ 因為這份文件，我才開始能解決一些過去沒能解決的問題。 例如： 有位醫師問我，如何從一張彩色超音波影像中，挑出紅色的面積，那時候我只會手動圈選，不過現在也有解了， 就是用 這裡 的plugin【 threshold_colour 】 還有一位做細胞免疫螢光染色的研究生，問我如何去量化幾張圖片中的綠色螢光。那時候我只能教他用灰階來看value，不過現在我想到應該可以把圖片以HSB(HSL)模式呈現，去看顏色的飽和度和亮度。 色彩模型有很多種，像是RGB、CMYK或是HSB。HSB模型就是彩度、飽和度和亮度，這種模型符合人類視覺對色彩的感知方式，像是在描述深紅色和淺紅色，只要固定色相是紅色，然後調整飽和度和亮度就可以了。 就以本篇文章最上面那位同學的舉手發問來說吧，這個就很難用RGB模型去解釋，可是用HSB就可以解釋了。 以下就幾種色彩分析的plugin來說明 threshold_colour 目的：取出影像中某些特定顏色，加入threshold 來源： http://www.dentistry.bham.ac.uk/landinig/software/software.html 下載後解壓縮，放在plungins資料中，開啟Imagej之後就可以在plugin的選單中找到 Threshold_Colour 先開啟欲分析的圖片，再點選 Threshold_Colour ，就會出現下圖 右邊 的視窗。 你可以調整拉桿去決定你要的顏色，然後勾取Threshold，就可以了 HSB_Histogram 目的：分析HS

我們上到脊索動物的最後啦，有袋類動物。 請舉出一種最有名的有袋類動物？還有拍成漫畫呢！ 袋鼠？無尾熊？ 都不是，是下面藍色那隻，超級有名的有袋類！ 他的袋子超級大的，裡頭應該也是有奶可以喝吧?

「為什麼台灣獼猴很勇敢？」 「因為牠是台灣特有種的生物」 「最有錢的親戚是誰？」 「姨丈，因為他有一億」 （胰臟有胰液） 「他還買了一座島，叫做胰島，島上種了兩棵樹，一棵是胰島樹，另外一棵還可以生糖果，叫做生糖樹」 「一對夫婦生了七個男生，那個最需要被保護？」 「第七個」 因為，七弟（棲地）需要保護 厚～我好冷喔

用EXCEl在處理成績的時候，需要一些功能，可是EXCEL沒有內建，例如 把全年級的名單，分解成像名條一樣，一個縱欄一個班級 把全年級的名單，各班間自動插入分頁線，這樣印出來才會一班在一張 每五個人的資料畫一條線，彼此區隔 這樣的需求，其實手動去完成就可以了，不過如果每次都要花好幾分鐘去作，我倒不如寫個程式讓它自動執行吧！ 下面這個檔案下載開啟之後，選擇開啟巨集，EXCEL就會自動會增加一個工具列，叫做[AChien-bar]，而關閉這個檔案之後，這個工具列會隨之消失 http://sites.google.com/site/pancala/Home/AChien-bar.xls 為了作範例，所以我用 中文姓名產生器 做了一些假姓名來示範 紅色圈圈的部份就是[AChien-Bar]，而這個工作表的內容就是全年級的生物成績 首先介紹分組的功能。 作盒狀圖或是作統計分析時，需要將全年級的名單，分解成各班一欄的樣子。 這個分組的功能是處理原有名單裡的第一欄和第二欄資料 上面的資料按下分組之後，就會產生一個新的資料表，像下面這樣。 如果是要作盒狀圖，就要把上面的成績放在第二欄 再來介紹分頁的功能，按下去之後，它會用A2儲存格以下的格子去作比較，格子裡的資料如果不一樣，就會加上一條分頁線 最後一個是畫線的功能，我要把701的這十位同學，每五位的底下畫一條線，就先圈選範圍，然後按下畫線。 最後就是這樣，我預設是畫紅線 裡頭主要的程式是 '說明:插入分頁線 Sub PageBreak()     ActiveSheet.ResetAllPageBreaks     totolrow = Range("A1").End(xlDown).Row     x = Cells(2, 1)             For i = 2 To totolrow             If Cells(i, 1) <> x Then             ActiveSheet.HPageBreaks.Add Before:=Cells(i, 1)             x = Cells(i + 1, 1)             End If          Next     End Sub '說明:分組轉換 Sub TransferS

上次選書會議的時候，把這幾家教科書攤在桌面上， 季瑾說：「你看，通通都不是台灣的生物」 是啊！為什麼？台灣的生物很可愛不是嗎？難道比不上企鵝、熊貓和蜂鳥嗎？ 放個台灣特有種的生物來看看也不錯嘛~ 底下補一個上個月在ptt joke板看到的笑話，由網友smaljohn (平平)貼出的 在台灣的某個森林裡，動物們一向和樂融融，你儂我儂好不愉快 但是因為某些愚蠢的野放人士任意丟棄外國猛獸， 以至於一隻野心勃勃的非洲獅子就想要佔地為王了。 「台灣的雜碎！」非洲獅子吼道，「你們誰敢出來跟我單挑？」 這時，長鬃山羊走了出來。 非洲獅子：「哪條道上的？敢跟老子單挑？」 長鬃山羊不急不徐道： 「我不知道自己哪條道上的，但大家都說我是台灣 特有種 的動物。」

這個課程「病毒大流行」是上週在專題課裡實施的，教學目標如下 認識普通感冒和流感的不同 認識流感病毒的構造 瞭解為什麼流感不能終身免疫 這波新流感怎麼來的 玩病毒大流行的遊戲Pandemic，以不同的角度體認大流行傳染病的發生情形 最後玩的這兩個遊戲有兩個版本，分別是一代和二代，課程中我是要學生玩一代的遊戲，而且是過關才能下課，一代過關的條件是「200天內殺死全人類」，過關之後把遊戲策略寫出來寄給我。 一代和二代的網址如下 Pandemic http://www.crazymonkeygames.com/playnewpandemic.php Pandemic 2 http://www.crazymonkeygames.com/Pandemic-2.html 課程的準備 徐明達教授的《病毒的故事》是這個課程內容的極佳參考資料，除了這以外在說明為何流感病毒不容易終身免疫的部份，我用NIH的這張Antigenic Drift的插圖來說明 http://www3.niaid.nih.gov/topics/Flu/Research/basic/AntigenicDriftIllustration.htm 而新流感病毒的產生，則是用這張Antigenic Shift的插圖來說明 http://www3.niaid.nih.gov/topics/Flu/Research/basic/AntigenicShiftIllustration.htm 另外我也在BBC的網站裡找到這波流感的全球感染趨勢的影片檔，底下這只是截圖，到原始網頁可以找到這個flash影片，拖曳底下的時間條，可以看到病毒如何在世界散播。 http://news.bbc.co.uk/2/hi/americas/8021547.stm 病毒遊戲 最後是進入遊戲，一代的遊戲比二代簡單很多 Pandemic http://www.crazymonkeygames.com/playnewpandemic.php 透過感染和致死得到演化點數，然後讓病毒的症狀減輕或增加，最後目的是使人類全滅。 雖然介面很簡單，但是英文的介面還是需要詳加說明，我發了一份下面這份圖給他們作為遊戲說明書。 在這些同學的作業中，就屬郁庭的作業最有意思，底下是她的作業內容： 我的策