阿簡生物筆記

黑板，是老師神聖不可侵犯的領域。

小時候，有權力在黑板上寫字的除了老師以外，就只有風紀股長和負責抄聯絡簿的同學了。那時候，誰只要拿粉筆在黑板上畫圖，就會風紀股長記上一筆。當時可從來沒想過，以後居然要靠著這個綠色的板子和粉筆糊口。

從小學生到研究生都一樣，長得越大，越不敢到到黑板上寫字。為什麼怕？因為怕「錯」，怕丟臉。
其實，表現自己是一件令人愉悅的事情，不該被添加太多壓力。


在教「動物界」的最後，就請全班同學們上台把動物界的生物畫上來吧，不要畫別人畫過的生物種類喔，這也是個複習的機會。



畫圖沒那麼難，勾勒幾筆，我們就能了解你想表達的是什麼。
這裡的生物，我想95%以上你都會認得。

去年12月9日的時候，917的學生在我桌上放了一個花盆，花盆上罩了個網子，裡頭似乎有生物活動。

打開來一看，嚇~好肥的幾隻蟲啊，看到尾部有小小的突起，我知道這是天蛾科的蟲。



找來學生一問，這是在他家的日日春上看見的肥蟲，根據特徵查查，原來是夾竹桃天蛾。



看起來有超大的藍眼睛，實際上的眼睛卻小的可以。




拿去實驗室用量體重，7、8公克左右



08/12/15 開始結蛹了，旁邊是蛻下的終齡幼蟲的皮





09/01/28  結蛹之後過了一個半月才羽化，我差點以為它們都掛了。粗心的我沒有提供牠們羽化時的站立點，導致有隻的翅膀皺掉了。




其實以下才是我要講的重點，看著幼蟲身上的美麗顏色，我想牠們在紫外線下會有特殊顏色。

帶去實驗室一照，果然在胸部有螢光




另外是在尾部的三角區域有螢光



一般光源底下看不見這些螢光標記



一些文獻提到幾種日行性和夜行性的天蛾，牠們對三種波段的光特別敏感，分別是紫外線、藍光和綠光。
這些幼蟲身體前段和後段的螢光，在紫外線的視覺下，應該是種特別的標記，而這種標記的作用是什麼？

我想到一個假設，也許這些標記是雌蛾在選擇產卵植物時的指標？能夠讓雌蛾知道這個植物上已經有很多肥滋滋的小肉腸在吃了，所以別再過來產卵了，你是搶不贏的。
如果這個假設是成立的，那麼若是用防曬乳液遮掩幼蟲的螢光標記，那麼雌蛾的產卵率也許會提高。
相反的，如果製作一些人工幼蟲，上面標上螢光標記，放在植物上，也許就能減少雌蛾來產卵？

如果我的學生有興趣，倒是可以實驗看看，是不是真如這個假設所言。

你家附近的南洋杉結毬果了嗎？

四月底的時候，帶學生作校園植物尋寶的時候，有學生從地上撿起了一個奇怪的小東西




我這才發現原來學校的南洋杉上頭居然長了好多雄毬果啊！



後來，教理化的鄭老師問起「學校的南洋杉是開花了嗎？」他在學校這麼久，從來沒看過耶。他還說，服務三十多年退休的詹團長也從來沒看過呢！

除了學校以外，宣如老師也說十八尖山上面的南洋杉也結毬果了。

哦？這可有趣了，還有哪裡的南洋杉也結毬果了呢？我想知道這個答案，誰會告訴我？
答案就是「用部落格紀錄生活的部落客們」！

我用Google網誌搜尋找兩種關鍵字「南洋杉 開花」和「南洋杉 毬果」，以下是目前找到的一些紀錄。

地點：台北北投
文章日期：2009/05/01
無奇不有的校園

地點：未知
文章日期：2009/05/26
開花了！肯氏南洋杉

地點：高雄
文章日期：2009/05/10
松果~~

地點：未知
文章日期：2009/05/21
猜猜什麼

地點：澄清湖
文章日期：2009/05/26
澄清湖小扎


地點：未知
文章日期：2009/05/10
300/week


感謝以下網友的告知，好多都在結啊

台中美術館附近-Yukie台東都蘭-羅賓鹿港-9521028台中二中-阿丸彰化-BlackKingK高雄中山大學-羅賓永和永平高中-風兄新竹培英國中-貝貝拉



似乎是以前不常結毬？為什麼今年從北到南都結毬果了呢？氣候變化？還是它們都是同一個來源？

6/2新增
今天晚上去荒野聽演講，遇見竹女的月梅老師，忍不住跟她打聽，她們學校的南洋杉有沒有結毬果。
沒想到她說，「結了，最近幾年都在結啊！」

哇~所以這代表什麼呢？是不是夠老就會開始結呢？如果是這樣，那麼是不是明年開始我們學校的也會結呢？

我在前一篇提到了一個好用的imageJ plugin 叫做Threshold_Colour。是可以取出影像中某些特定顏色，加入threshold，然後作進一步分析

plugin來源是：http://www.dentistry.bham.ac.uk/landinig/software/software.html

下載後解壓縮，放在plungins資料中，開啟Imagej之後就可以在plugin的選單中找到Threshold_Colour

凱閔醫師一年前向我詢問「想要計算影像中某種特定顏色的面積」，當時我的想法是手動圈選，不過現在有了Threshold_Colour，事情可以簡單很多。


開啟影像之後，再開Threshold_Colour這個plugin



調整Hue、Saturation和Brightness的拉桿值，讓左方影像只留下想要分析的部份。





勾選Threshold之後，在呈現黑白的影像中按右鍵複製一份黑白圖



再將複製後的圖片轉成8-bit，方法是Image/Type/8-bit



再來Image/Adjust/Threshold



使欲分析的區域呈現紅色



再來用Analyze/Analyze Particles



根據所需條件勾選，這裡我用預設值就行了



最後出現的結果，就是我要求得的面積。
特別注意的是，這張圖我沒有先作比例尺校正，所以出現的單位都是像素值。
比例尺校正的方式，可以看之前的post。

前幾天一個學生寫信問我這樣一個問題
阿簡老師你好：
我是動科系（舊名畜產系）的學生，最近老師讓我們用小鼠做生理學的實驗。我們
做的實驗是測驗雌鼠去勢之後對肥胖代謝的影響。
然後結果的觀察有一部分是在實驗結束後取出肝來觀察。我正常的肝會是血紅色，脂肪肝會偏黃色。脂肪肝程度越高，顏色會越淡越黃。
請問老師知道image J有辦法做類似色譜分析（紅色多少％、黃色多少％、藍色多少％之類的）的工作，來量化比較樣本的外觀脂肪肝程度
謝謝老師
詠文上

ImageJ做得到嗎？當然可以，它可是地球上最強的生物醫學影像處理軟體呢！不過怎麼用呢？
我google了一下，找到了這份文件
Colour Analysis Tools in ImageJ
這裡頭可是介紹了不少分析顏色的方式呢！

因為這份文件，我才開始能解決一些過去沒能解決的問題。
例如：
有位醫師問我，如何從一張彩色超音波影像中，挑出紅色的面積，那時候我只會手動圈選，不過現在也有解了，
就是用這裡的plugin【threshold_colour】

還有一位做細胞免疫螢光染色的研究生，問我如何去量化幾張圖片中的綠色螢光。那時候我只能教他用灰階來看value，不過現在我想到應該可以把圖片以HSB(HSL)模式呈現，去看顏色的飽和度和亮度。

色彩模型有很多種，像是RGB、CMYK或是HSB。HSB模型就是彩度、飽和度和亮度，這種模型符合人類視覺對色彩的感知方式，像是在描述深紅色和淺紅色，只要固定色相是紅色，然後調整飽和度和亮度就可以了。

就以本篇文章最上面那位同學的舉手發問來說吧，這個就很難用RGB模型去解釋，可是用HSB就可以解釋了。

以下就幾種色彩分析的plugin來說明
threshold_colour

目的：取出影像中某些特定顏色，加入threshold
來源：http://www.dentistry.bham.ac.uk/landinig/software/software.html

下載後解壓縮，放在plungins資料中，開啟Imagej之後就可以在plugin的選單中找到Threshold_Colour
先開啟欲分析的圖片，再點選Threshold_Colour，就會出現下圖右邊的視窗。
你可以調整拉桿去決定你要的顏色，然後勾取Threshold，就可以了



HSB_Histogram
目的：分析HSB的分佈。

就像最上面的例子，想知道一張圖藍色有多少、黃色有多少。這個Ma…

我們上到脊索動物的最後啦，有袋類動物。


請舉出一種最有名的有袋類動物？還有拍成漫畫呢！
袋鼠？無尾熊？

都不是，是下面藍色那隻，超級有名的有袋類！


他的袋子超級大的，裡頭應該也是有奶可以喝吧?

「為什麼台灣獼猴很勇敢？」
「因為牠是台灣特有種的生物」



「最有錢的親戚是誰？」
「姨丈，因為他有一億」
（胰臟有胰液）
「他還買了一座島，叫做胰島，島上種了兩棵樹，一棵是胰島樹，另外一棵還可以生糖果，叫做生糖樹」



「一對夫婦生了七個男生，那個最需要被保護？」
「第七個」
因為，七弟（棲地）需要保護

厚～我好冷喔

用EXCEl在處理成績的時候，需要一些功能，可是EXCEL沒有內建，例如
把全年級的名單，分解成像名條一樣，一個縱欄一個班級把全年級的名單，各班間自動插入分頁線，這樣印出來才會一班在一張每五個人的資料畫一條線，彼此區隔
這樣的需求，其實手動去完成就可以了，不過如果每次都要花好幾分鐘去作，我倒不如寫個程式讓它自動執行吧！

下面這個檔案下載開啟之後，選擇開啟巨集，EXCEL就會自動會增加一個工具列，叫做[AChien-bar]，而關閉這個檔案之後，這個工具列會隨之消失
http://sites.google.com/site/pancala/Home/AChien-bar.xls

為了作範例，所以我用中文姓名產生器做了一些假姓名來示範


紅色圈圈的部份就是[AChien-Bar]，而這個工作表的內容就是全年級的生物成績


首先介紹分組的功能。
作盒狀圖或是作統計分析時，需要將全年級的名單，分解成各班一欄的樣子。
這個分組的功能是處理原有名單裡的第一欄和第二欄資料


上面的資料按下分組之後，就會產生一個新的資料表，像下面這樣。
如果是要作盒狀圖，就要把上面的成績放在第二欄



再來介紹分頁的功能，按下去之後，它會用A2儲存格以下的格子去作比較，格子裡的資料如果不一樣，就會加上一條分頁線



最後一個是畫線的功能，我要把701的這十位同學，每五位的底下畫一條線，就先圈選範圍，然後按下畫線。




最後就是這樣，我預設是畫紅線



裡頭主要的程式是
'說明:插入分頁線
Sub PageBreak()


    ActiveSheet.ResetAllPageBreaks
    totolrow = Range("A1").End(xlDown).Row
    x = Cells(2, 1)

        For i = 2 To totolrow
            If Cells(i, 1) <> x Then
            ActiveSheet.HPageBreaks.Add Before:=Cells(i, 1)
            x = Cells(i + 1, 1)
            End If
         Next

End Sub

'說明:分組轉換
Sub TransferScore()
oldname = ActiveSheet.Name
newname …

上次選書會議的時候，把這幾家教科書攤在桌面上，
季瑾說：「你看，通通都不是台灣的生物」

是啊！為什麼？台灣的生物很可愛不是嗎？難道比不上企鵝、熊貓和蜂鳥嗎？
放個台灣特有種的生物來看看也不錯嘛~


底下補一個上個月在ptt joke板看到的笑話，由網友smaljohn (平平)貼出的



在台灣的某個森林裡，動物們一向和樂融融，你儂我儂好不愉快
但是因為某些愚蠢的野放人士任意丟棄外國猛獸，
以至於一隻野心勃勃的非洲獅子就想要佔地為王了。

「台灣的雜碎！」非洲獅子吼道，「你們誰敢出來跟我單挑？」

這時，長鬃山羊走了出來。

非洲獅子：「哪條道上的？敢跟老子單挑？」

長鬃山羊不急不徐道：

「我不知道自己哪條道上的，但大家都說我是台灣特有種的動物。」

這個課程「病毒大流行」是上週在專題課裡實施的，教學目標如下
認識普通感冒和流感的不同認識流感病毒的構造瞭解為什麼流感不能終身免疫這波新流感怎麼來的玩病毒大流行的遊戲Pandemic，以不同的角度體認大流行傳染病的發生情形
最後玩的這兩個遊戲有兩個版本，分別是一代和二代，課程中我是要學生玩一代的遊戲，而且是過關才能下課，一代過關的條件是「200天內殺死全人類」，過關之後把遊戲策略寫出來寄給我。

一代和二代的網址如下
Pandemic http://www.crazymonkeygames.com/playnewpandemic.php
Pandemic 2 http://www.crazymonkeygames.com/Pandemic-2.html



課程的準備

徐明達教授的《病毒的故事》是這個課程內容的極佳參考資料，除了這以外在說明為何流感病毒不容易終身免疫的部份，我用NIH的這張Antigenic Drift的插圖來說明

http://www3.niaid.nih.gov/topics/Flu/Research/basic/AntigenicDriftIllustration.htm



而新流感病毒的產生，則是用這張Antigenic Shift的插圖來說明



http://www3.niaid.nih.gov/topics/Flu/Research/basic/AntigenicShiftIllustration.htm


另外我也在BBC的網站裡找到這波流感的全球感染趨勢的影片檔，底下這只是截圖，到原始網頁可以找到這個flash影片，拖曳底下的時間條，可以看到病毒如何在世界散播。
http://news.bbc.co.uk/2/hi/americas/8021547.stm


病毒遊戲

最後是進入遊戲，一代的遊戲比二代簡單很多
Pandemic http://www.crazymonkeygames.com/playnewpandemic.php

透過感染和致死得到演化點數，然後讓病毒的症狀減輕或增加，最後目的是使人類全滅。

雖然介面很簡單，但是英文的介面還是需要詳加說明，我發了一份下面這份圖給他們作為遊戲說明書。




在這些同學的作業中，就屬郁庭的作業最有意思，底下是她的作業內容： 我的策略: 剛開始，必須等待哪一洲的人有得到流感，並且增加感染力，盡力的控制致死率即可見度，避免人類發現病防治。
若…