阿簡生物筆記: 2010-06

2010年6月9日

用ImageJ找物體的中心點並計算相對距離

最近收到一位研究生的來信

他想計算一個圖片中，數個物體的中心點，並且計算相對位置，問我怎麼做。
我把作法分成兩個部分，一個是找中心點

另外一個部分就是利用得到的資料，用excel去計算距離

以上影片是用Freez Screen Video Capture錄製的，錄的感覺還蠻順的。

後來發問的人有提出一個疑問，因為他提供的那張圖，其實只有六個橢圓而已，可是卻計算出22個點
這個問題來自於人類和電腦判圖的差異

當你細看那張圖，其實的確是22個黑色區域，可是人眼看時，會希望把部分黑色區域當做是陰影，但是電腦並不知道這件事，所以會發生判圖失誤。

解決的方法就是，手動把部分空白的部份塗黑，讓畫面呈現真實的六個黑色橢圓，這樣算才能得到真值。

2010年6月5日

芎林採黏菌

剛才四點多回到家，梅子提議要去採黏菌，因為她要帶黏菌給學生看。這倒是讓我想到，我今年也沒給學生看過黏菌喔。

反正黏菌採集地點離我家沒有多遠，所以簡單帶點東西就可以去採了。不過因為太久沒採了，忘記要帶什麼東西，想想，還好我以前有作紀錄。
兩年前的我說，不用帶鋸子刀子什麼的，不過我還是要挑戰一下過去的我，這次硬是帶了手鋸和水果刀，看看用不用得上。

唉啊，還好我有挑戰過去的我，鋸子是不需要啦，但是小水果刀就需要了。因為這些黏菌都長在樹皮下的木材，要採起來還得把木材切下一點。還好木材已經爛掉了，所以用小刀子很容易就可以切下來了。

我們在採的時候，遇到香菇寮的主人，我就順便跟他聊黏菌的事情。這些放在菇寮外面的木頭都是用了兩年就淘汰了，因為養分都已經被分解掉了（香菇是分解者啊）。我本來以為他們會很厭惡黏菌，不過聽起來還好耶，因為香菇以外的雜菌太多了，所以也沒有特別討厭黏菌。

說著說著，我找到一大片都是黏菌的變形體，看起來好壯觀。本來我要誇讚香菇寮的主人說：「你們家的黏菌長得真多，真好」，不過還好沒有說出口，畢竟那個對他們來說是雜菌啊。誇讚下去就好像是抓小強的人誇讚人家說『你們家小強長得很多真好』。

看著這些黏菌，我在想，或許也可以用它們作成一個分解者的生態瓶吧？

用文氏圖教分類

最近因為要給學生做瓶中生態系的作業，所以上網找了相關資料

瓶中生態系的網站在此-->http://www.bottlebiology.org/

不過我在找的時候，連到另外一個網站也有說明作瓶中生態系的相關課程
http://www.learner.org/courses/essential/life/bottlebio/

看著看著覺得很有趣，繼續在這裡連過來連過去
然後就連到了一個區塊，是跟老師講科學本質怎麼教，要注意什麼部分
http://www.learner.org/courses/essential/life/
裏頭每個session都有一段影片，分別對不同主題作介紹

生命現象怎麼教
像第一個session是在介紹生命現象，裏頭有一段是拍攝研究者和小孩子晤談對生物的先備知識。
研究者拿了許多東西問小孩，這是活的生物、死的生物還是非生物。
小孩子透過觀察、討論，進而歸納出他對生命現象的理解。

我覺得這個這個研究的互動，如果轉成課堂授課，倒也是蠻棒的教法。
在講生命現象的時候，過去都是平鋪直敘地說生命現象包括生長、生殖、感應和代謝(生生感謝)
可是如果要在這個部份加入探究的意味，就可以利用這種互動方式來教。
教師拿一個東西(屍體、石頭或是植物...)，問學生，「這是活的生物、死的生物還是非生物。你怎麼知道它是哪種呢?」

這種問答的方式也不錯嘛!應該可以激起許多討論

分類怎麼教
那網站的第二個session在講分類
影片中，研究者讓小孩子用venn diagram作分類
venn diagram又稱文氏圖，基礎的圖形就是兩個有交集的圈圈，分別代表兩類生物，學生必須找出各種特徵，在同中求異，在異中求同。

我覺得這個方法真的很棒，因為分類的基礎就是觀察、比較。所以我隔天上課時，就在黑板上畫圈圈，讓同學去比較山椒魚、壁虎。這兩種看起來很像的生物，其實也可以同中求異、異中求同。

或是比較軟骨魚和硬骨魚

教這個部份的時候，我是先讓學生們看看影片，看那些要被比較的生物的特徵。然後每排當作一組，每一組都要上台寫特徵，一組一組輪，而且輪過的人不可以再上台，一定要換人，這樣每個人才都有機會上台。

不過光是這樣教，我覺得還不太夠，你可以看見學生在黑板上寫的都是課本上的敘述，我想，如果要提升教學的層次，或許可以是在教分類前，把各種重要生物的圖片編上編號作成照片，印六份，各組觀察去做分類，這樣也不錯。可以提升認知層次，不是只有記憶而已。

我在看影片的時候想到一件事，分類教學的順序或許可以顛倒，因為動植物是我們最熟悉的，是不是可以從最熟悉的開始教，動物、植物和其他。然後再加入真菌...。一路擴大，開始圍出真核生物、原核生物的範圍，這樣不知道好不好。

喔，對了，說到分類，月鈴老師在教檢索表的運用時，有個開場蠻有趣的，就是用抓鬼學二分法，有興趣的可以去看看，明年就可以學著試試看。

2010年6月3日

用google服務上生態系的課程

教室能上網真好!

在能上網的教室環境上課，感覺真好，想要什麼資料立刻就可以呈現，在各種網路服務這麼發達的環境，怎麼可以不好好利用利用呢?

除了我上一篇提到的，在教室上網找圖片和影片的上課方式以外，我還蠻常在教室裡用我的blog上課的。

因為我現在跟google算是很好很好的朋友，我若是要找我blog的文章，我只要在搜尋框裡打【阿簡關鍵字】就可以立刻搜到我的文章。例如我要找我之前作五色鳥骨頭的文章，我就只要打【阿簡五色鳥】就可以立刻找到。

有些情況還更誇張，我甚至只要打關鍵字就可以在第一篇找到我文章，像是顫藻，我覺得我好像成為顫藻的代言人，為什麼第一篇就是我的呢?

除了找我blog的圖文來上課以外，最近我還用google的地圖和街景來上課呢，上什麼課呢？就是生態系。

之前我說可以把自然帶進教室?，可是如果是上生態系呢?總不能把生態系搬進教室吧?不過還好有google的服務，搬進教室也不是不可能啊。

例如，我要從新竹地區的河口開始講生態系，我就可以用google地圖來呈現

講到大陸棚、深海的時候，就給他們看看有海底地形的圖層
講到濕地就到香山濕地去看看
想看河口，就直接請街景帶我們去看河口有什麼
人類如何利用海洋，那就看看竹北的魚塭
講到沙丘生態系，就飛遠一點，去南台灣有名的沙丘景點-九棚大沙漠。不然也可以直接飛去戈壁大沙漠。
這時候當然也可以順便到我的blog，給同學看看我去過的淨灘活動。公路到不了的海岸線-出風鼻淨灘活動，雖然人在台灣，但是卻可以看到來自亞洲其他國家的垃圾。
講到神木，也可以直接跑去公路旁看碧綠神木
說到森林和草原，可以先用衛星圖看森林線的位置
然後直接用街景帶我們過去一探高山草原的真面目，環顧四週，就會發現高山草原其實是箭竹構成的。
甚至也可以到南極去看看企鵝

街景授課的下課時間，我跟學生玩起一個無聊遊戲，就是把街景的小黃人抓起來隨便丟，比賽看誰能夠先找到小7。雖然看起來很無聊，不過倒是讓我想到一個更有意義的遊戲，就是用google街景找特定物種。

例如用google街景找筆筒樹、找針葉植物。雖然看起來好像很難，不過只要找對地方，就沒問題啦。

偶爾也要讓你看菜是怎麼作的-google示範教學

老師好像常常都會說：「課本上有什麼不懂的，或是想更深入了解，你就上網去找資料來看」。
可是說歸說，作歸作，學生如果真的不懂的，最後還是去找奇摩知識家，使用二手、三手的知識。就算已經說可以用google查，他們還是沒聽進去。

我最近講動物分類的時候，就一直想，是不是有辦法在課堂上加上網路搜尋的教學呢?

於是，我決定作一個好像很偷懶的決定，就是上課時直接上網找媒體來教學。

例如，我講到刺絲胞，我就直接在Google瀏覽器直接打刺絲胞，可是搜尋出來的資料不一定是我要的，因為我想要找英文的資料，然後用英文繼續進行搜尋。可是我要怎麼知道它的英文是什麼呢，所以我就用維基的英文版去看，或是用google翻譯的功能。找到英文之後，也可以找學名，有了這些關鍵字以後，我再把它們丟進圖片搜尋裡，就可以找到許多我要的圖片了，至於影片呢，就到youtube去找。當然偶爾也會踩到地雷，例如我找刺絲胞(nematocyst)的影片，好幾次都找成某樂團的MV，找錯沒關係啊，搜尋本來就是這樣啊。

整個搜尋的過程看起來很複雜，不過只要和瀏覽器搭配好，速度可快很多很多，像firefox和chrome這些瀏覽器都有滑鼠手勢的外掛，所以只要拖拉放就可以立刻搜尋。

會這麼做的目的，無非就是希望學生能透過觀摩老師如何作，以後如果自己有需求的時候，也能夠如法炮製，搜尋到合適的資料。