2016年5月13日

imagej計算細胞體積與表面積



一直以來用imagej處理細胞影像,頂多都是作到面積而已,不過前兩天一個中山大學的學生來信,問到想要處理細胞體積,於是我摸索了一下,錄了一段影片給他,我想未來應該會有人需要吧。

需要的plugin如下
3D Roi Manager
http://imagejdocu.tudor.lu/doku.php?id=plugin:stacks:3d_roi_manager:start

3D Object counter
http://imagejdocu.tudor.lu/doku.php?id=plugin:analysis:3d_object_counter:start



正式處理影像之前出了一點小狀況,我處理了一陣子才搞定。事情是這樣的,我是用fiji來處理影像,其實3D Object counter都是已經安裝好的,而3D Roi Manager據說是在fiji裡頭有,但是我沒有找到。而依照安裝說明去安裝,卻還一直不能執行,說是plugin沒有找到java3D,所以後來我就把fiji裡頭本來的3D Viewer刪除之後,重新再下載安裝一次,然後它就會自動再安裝java3D,接著就可以用3D Roi Manager了。

備註:fiji就是已經預裝了很多plugins的imagej

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