以ImageJ測量葉面積

以前我們在植物葉面積測量時會先準備一張方格紙，先剪下一小方格以電子天平秤重，然後把葉子描在方格紙上，然後沿線剪下秤重。
真實葉的面積/ 單方格的面積= 方格葉子的重量 / 單方格的重量

假設
單方格的面積是1平方公分，重量是0.02克。
方格葉子的重量是10克

依此計算就可以知道真實葉面積是50平方公分。
而以上需要電子天平、剪刀、方格紙。

不過如果用電腦處理
我們就需要尺、數位相機(或掃描器)、電腦、ImageJ

以下我會用ImageJ附的範例圖檔來計算一片葉子的綠色面積
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開啟ImageJ

開啟範例圖檔

File-->Open Samples-->Leaf

將影像改為8-bit的影像

Image-->Type-->8-bit

設定影像比例尺：先以上方工具列的第5項的直線工具，在拍攝的尺上畫線，我是從5公分畫到10公分，然後設定比例

Analyze-->Set Scale

Distance in Pixels：是你剛剛畫的那條線的長度，不用改。
Know Distance:已知的長度，這裡我畫的是5公分，不過底下的單位我用mm，所以我這裡填50。
Pixel Aspect Ratio:不用改，除非你的影像被拉長過或是壓扁過才需要改。
Unit of Length：長度的單位
Global：如果之後處理的影像都是相同比例尺，這裡打勾，之後就不用再到這邊設比例尺。


把尺的圖案刪掉，選擇工具列的第一個方形工具，把葉子框起來，然後選擇

Image-->Crop

設定閾值範圍

Image-->Adjus-->Threshold

調整Threshold的上下兩列的捲軸，使紅色的面積剛好覆蓋在葉子的綠色部份。


計算綠色面積

Analyze-->Analyze Particles

Size (mm^2)：設定的是要計算的範圍，先不用管。或者直接打0，代表0以上的都要計算。

因為目的是計算面積，所以至少Display Results或Summarize要打勾。這樣才知道結果。


經過快速的運算之後，會出現很多視窗。在運算過程中，之前被框成紅色的部份有些是分離的，就會被計算成分離的區塊。Results視窗就有這些區塊的資料，而Summary視窗就是統計這些結果，Count代表有11個區塊，Total Area就是綠色的面積1995.754(平方公釐)。



但是光知道葉子的綠色面積還不夠，我們還想知道這片葉子的總面積是多少，這樣才知道綠色面積的比例。

所以我們再取一次閾值，設定範圍

Image--->Adjust--->Threshold

也可以改用快速鍵Ctrl+Shift+T，讓紅色範圍把全部葉子蓋住。

然後再計算一次

Analyze-->Analyze Particles

那些Summary或是Result可以選擇要不要把之前的資料留下來，我沒把計算綠色面積的部份刪掉，所以在Summary視窗裡就會有兩筆資料。

葉片總面積是2475.965 (mm^2)
綠色面積是1995.754(mm^2)
比例大約是80.6%

Summary或是Result的這些資料都可以剪貼到其他文書處理的軟體中