以ImageJ計算胚胎數目

這次要說的是用ImageJ計算顯微鏡下海膽胚胎的數目

同樣的，還是利用程式的範例圖檔
開啟範例圖檔

File-->Open Samples-->embryos

將影像改為8-bit的影像

Image-->Type-->8-bit

將影像改為Binary的影像(只有黑白兩色)

Process-->Binary-->Make Binary

設定影像比例尺：先以上方工具列的第5項的直線工具，在影像上的比例尺上畫線然後設定比例。

接著把影像放大(按+)，選擇工具列的自由繪圖工具(第四個 Freehand selection)，找一個最小的胚胎描一下輪廓，然後作測量一下

Analyze-->Measure

從出現的Results視窗中可以知道這顆胚胎大概有59.770(um^2)，這和我們接下來設定的數據有關係。

接著要做全面的測量計數

Analyze-->Analyze Particles

因為剛剛最小的胚胎是59左右，所以我在Size填入50，意思是說面積在50以上的都要拿進來算。如果這裡設成0，會把影像裡的小斑點都算進來。

而下方的Include Holes和其他設定的意思請看官網的圖片說明(Flood Fill就是Include Holes)

經過運算之後，看Summary視窗可以知道一共有24個胚胎，每個胚胎的面積可以從Results視窗中得知。如果你在前面的設定選了show outlines就會把這些胚胎的輪廓框出來，而且上面還有編號。

不過要注意一點，其實這個影像檔中的胚胎數目不只24個，因為有些胚胎太靠近，會被算成一個。

這些問題解決的方式有很多，不過我還沒找到最好的。大致上可以用以下方法

• 用Watershed切割區塊：Process-->Binary-->Watershed
• 削減區塊相接的像素：Process-->Binary-->Erode
  
• 用橡皮擦工具把相鄰的部份擦掉
  
• 手動計數：Analyze-->Tools-->ROI Manager