2017年5月3日

imagej分析影像面積-活用ROI Manager

最近大概是論文寫作季節,收到很多用ImageJ分析影像的詢問信件。

以下這兩個案例,雖然是不同的問題,但是都必須活用ROI Mangager來完成。

ROI manager是ImageJ的一項工具,ROI的意思是region of interest,直接翻譯是興趣點,或是感興趣區域,其實就是把選取區存起來運用的地方。比方說好不容易用Color Threshold設定好了選取區,希望日後還能再利用這個選取區,那就可以利用ROI Manager儲存起來以備日後使用。

接下來介紹一下案例,案例一是要分析圖中的綠色圓形(axon beading)的部份,佔所有綠色(axon)的面積比例有多少,案例二是要分析眼白的血管覆蓋面積比例有多少。

雖然是不同的研究問題,但是問題很相似,欲分析的部位(面積比的分子部份)都是難以直接用電腦直接圈選,所以有些都要用人腦判別加上手動圈選。

此外第一個案例,由於研究者需要比較準確的比例,所以就建議更要用人腦判斷了。但是圖像這麼複雜,全數用人腦判斷手動圈選會非常耗時,所以我建議可以加入樣區取樣的方式。

將整個影像,分成數個樣區,每個樣區精確計算面積後,再利用這些樣區得到整張影像的面積比例平均值和標準差。因為有固定取樣位置和儲存影像位置的需求,所以就要使用ROI Manager。

案例二是要計算眼白處的血管面積,但在利用Color Threshold選取血管部位時,會選到其他非眼白的皮膚部位。如何精確地選到眼白內的血管?必須利用選取區的邏輯運算功能,首先圈選出眼白部位,再圈選出血管部位(含皮膚同色的部位),將兩部位都存入ROI Manager,再將兩部位取交集,就可以得到「在眼白處的血管」。

兩個案例的分析過程都以影片回應原提問者,有興趣者可以參考學習。




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