最近大概是論文寫作季節，收到很多用ImageJ分析影像的詢問信件。
以下這兩個案例，雖然是不同的問題，但是都必須活用ROI Mangager來完成。
ROI manager是ImageJ的一項工具，ROI的意思是region of interest，直接翻譯是興趣點，或是感興趣區域，其實就是把選取區存起來運用的地方。比方說好不容易用Color Threshold設定好了選取區，希望日後還能再利用這個選取區，那就可以利用ROI Manager儲存起來以備日後使用。
接下來介紹一下案例，案例一是要分析圖中的綠色圓形(axon beading)的部份，佔所有綠色(axon)的面積比例有多少，案例二是要分析眼白的血管覆蓋面積比例有多少。
雖然是不同的研究問題，但是問題很相似，欲分析的部位（面積比的分子部份）都是難以直接用電腦直接圈選，所以有些都要用人腦判別加上手動圈選。
此外第一個案例，由於研究者需要比較準確的比例，所以就建議更要用人腦判斷了。但是圖像這麼複雜，全數用人腦判斷手動圈選會非常耗時，所以我建議可以加入樣區取樣的方式。
將整個影像，分成數個樣區，每個樣區精確計算面積後，再利用這些樣區得到整張影像的面積比例平均值和標準差。因為有固定取樣位置和儲存影像位置的需求，所以就要使用ROI Manager。
案例二是要計算眼白處的血管面積，但在利用Color Threshold選取血管部位時，會選到其他非眼白的皮膚部位。如何精確地選到眼白內的血管？必須利用選取區的邏輯運算功能，首先圈選出眼白部位，再圈選出血管部位（含皮膚同色的部位），將兩部位都存入ROI Manager，再將兩部位取交集，就可以得到「在眼白處的血管」。
兩個案例的分析過程都以影片回應原提問者，有興趣者可以參考學習。
