為了讓自己更熟悉這些處理方式，所以我就到youtube 找了一些影片來學習怎麼處理。
材料是這個影片（草履蟲游來游去），要把裡頭蟲體隨時間泳動的空間資訊轉化為用一張圖來呈現。
這種方法之前用startrail這種星軌軟體作過，這回則是用imagej來實踐！
影片轉圖片
imagej內建可以匯入avi，不過這些youtube上下載的影片格式都是mp4，所以我得先用別的軟體轉檔。這個任務當然交給ffmpeg，如果是windows下，可以用阿特拉斯的Extra.Movie to Gif來完成。
文字列的轉檔方式如下
ffmpeg -i source.mp4 -ss 00:00:00 -t 00:50:00 -r 3 output%03d.jpg
-ss是起始時間，-t是經過時間，若是要全部影片都轉檔，這兩個值不用打也沒關係
-r 指的是fps，預設值是25，也就是說若有10秒的影片，則是可以轉出10x25張的圖片。-r 後面的數字可以使用分數，例如1/2，這就表示每兩秒才轉出一張圖片，所以10秒的影片會轉出5張圖片。
匯入Imagej
匯出圖片之後，開啟imagej，用File/import/Image Sequence...，選取這系列圖片的第一張，就可以直接把其他圖片都匯入成一個stack。
若是匯入的影片太大，可以用 Image/Crop 直接裁切整個Stack的圖片。
然後用 Image/Stacks/Z Project... ，設定Projection Type為 Min Intensity，這樣就可以產出草履蟲的移動軌跡了。
如果Stack裡頭的圖片太多，可以用Fiji 裡的Image/Stacks/Reslice Z 重新切過把stack裡頭的圖片弄掉。
不同的數量，做出來的圖片就不同喔。左下角是104張圖片做的，右下角則是52張圖片做的。
Montage
資訊視覺化的另外一種方式，則是做成組圖，利用以下指令 Image/Stacks/Make Montage...
然後設定欄列數量和邊框，這樣就可以了。
Kymograph
另外一種資訊視覺化的方式，我覺得實在很有趣。在原作者的文章中，他想知道他家的鳥孵蛋和覓食的時間分佈狀況，所以就拍了一整天的影片，然後把影片匯入imagej之後，同樣轉成一個Stacks，再把蛋區的部份crop了一長條做成Montage，這樣就可以很清楚的知道，那隻親鳥孵蛋和覓食的時間分佈了。
我仿照他的例子，來作一個草履蟲的空間與時間的分佈圖，下圖是在原本的Stacks中切了一長條的位置，然後再把Stacks變成Montage。這樣就可以知道那個區域在什麼時候會有草履蟲來了。
同樣的作法，我也拿來某個日出到日落的縮時攝影影片匯入成Stack之後，然後在空中切一小條之後，做成一張組圖，這樣就可以很清楚的知道天色的變化了。
這種將帶有時間資訊的影像扁平化的方式，在日本的定點觀測計劃中，就有看到不少例子，無論是比較全年的日照時間，或是稻田顏色變化等，長期的資料累積下來，看到的樣貌都是非常迷人的。
除了本篇講的幾種視覺化方式，原作者還提出了其他幾種資訊
- IMAGE CALCULATOR:TWO IMAGES COMBINED
- Z-PROJECT A STACK:LIGHTNING FLASH
- COLOR-CODING TIME: STAR PATHS ACROSS THE NIGHT SKY
- IMAGE PROCESSING WITH A SPREADSHEET
