2014年4月7日

用BKChen+Inkscape+TinkerCad製作化學結構式模型

前幾天做了《以inkscape和freecad製作化學結構式模型》,那時候毅然決然把BKChem這套軟體排除在外,但後來我發現是我沒善用它啊。

畫化學分子當然還是用專用的軟體比較好啊,所以以下第一個影片就是教怎麼畫血清素(Serotonin)的結構式囉,除了自己慢慢把環啊線啊湊在一起之外,還可以用SMILES的方式來畫。



以Serotnin這個化學分子為例,若用SMILES來描述,就只要用下面這行就可以了。
C1=CC2=C(C=C1O)C(=CN2)CCN

其他模型的SMILES描述方式,可以在Chemspider這個網站中查詢到。

不過BKChem這個軟體目前還不能接受太複雜的SMILES的表示法,像我本來想用它來畫催產素,不過就因為這個問題,所以只能認命地慢慢畫啊。

檔案儲存的格式是svg,剛好可以餵給Inkscape用。Inkscape開啟之後,先把圖形取消群組之後,把個別線條都加粗,方法是[物件/填充與邊框],然後刪掉一些不要有的元素符號,做好微調之後,就把這個圖形匯出成png檔,然後再匯回來,用[路徑/描繪點陣圖]製作封閉曲線的圖,弄好之後存檔就可以交給下個軟體了。



下個軟體用的是Tinkercad,是一個免費製作3D模型的網站。這裡會利用它來讓平面的svg變成立體的,然後再加上代表氧和氮的分子,最後再匯出成stl檔案就可以了。










(後記,後來發現這影片有點多餘,其實要把粗線條轉成路徑,只要用Ctrl+Alt+C 物件邊框轉路徑)就可以了!






最後貼一張,這個就是畫出來然後去作3D列印的催產素模型,還可以當項鍊喔!

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