2018年12月24日

使用imagej的plugin TrackMate追蹤細胞

最近一個網友來信問用imagej追蹤細胞的問題,他的材料是一群T cell。在fiji的plugin中,有數個做tracking的plugin,設定最簡單的應該是MTrack 2,不過我一直沒有用這個東西做成功,而且MTrack2的網路資料也好少,很難找到參考文章。

所以後來我用一個設定很複雜的plugin,叫做TrackMate。雖然設定很複雜,但是還好有夠多的文章可以看怎麼做。例如這個 Getting started with TrackMate

做細胞或是物體追蹤的流程,大致上是這樣,要先偵測追蹤的物體在哪,然後把不同frame的同一物體辨識出來成為一個track。

其中還會遇到一些問題,比方說有些物體在某些frame會消失或是快速移動,想像一下拍攝車輛的影片,可能車輛會突然加速或被遮擋。或是某些物體會在途中突然變成兩個,例如細胞分裂的時候,從一個細胞變成兩個細胞。上述這些問題在TrackMate中,都有解決的方式,不過以下的教學影片就沒講到這個東西,反正還沒遇到。


在影片中會提到偵測物體的演算法,有幾個如下。不同的方法偵測的物體,各有所長,也些適合偵測大的,像是The Downsample LoG detector,而DoG detector就適合偵測小的。

  1. DoG detector:對於小尺寸(5 pixels)的追蹤很快
  2. LoG detector:5~20 pixels
  3. The Downsample LoG detector:大於20 pixels
詳細的處理就請看影片

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