這套漫畫其實有兩個版本，一個是手邊這種，動畫版的漫畫版，一套有四本；另外一種是原著漫畫版，一套有七本。
動畫版中，世界經歷過「火之七日」的毀滅性戰爭，人類文明僅存在於北方幾個工業城市，其餘地方則被腐海所佔領。腐海裡，有巨大的王蟲和有毒的孢子植物。進入腐海的人，若是拿掉面罩五分鍾，就會因為毒氣而肺部潰爛而死。如果人類傷害腐海的樹木或是殺了一隻蟲，就會被王蟲所攻擊。
平靜的「風之谷」位在腐海邊緣，因為有海上吹來的風保護，因此不受腐海影響，但風之谷的族長卻因深入腐海時中毒，因此主角娜烏西卡代理治國。
故事的主軸是一場戰爭，原本平靜的風之谷，因其他邦國的兩相爭戰而被迫捲入這場戰爭，戰爭的一方利用小王蟲做誘餌，呼喚腐海的王蟲群攻擊風之谷，本來風之谷會因為王蟲而毀滅，不過主角「娜烏西卡」卻用生命喚醒了瘋狂的王蟲群，拯救了風之谷。雖然動畫版是快樂的結局，不過實際上在原版的漫畫中，這只是前面一小段而以，完整的故事其實沒有那麼歡樂。
腐海裡的孢子植物和王蟲，其實就是生態系的分解者和清除者吧，像我覺得王蟲的原型大概是鼠婦之類的節肢動物。
這些東西都是人們所不喜愛的東西，不過卻在生態系裡扮演著重要的角色。像在故事中，娜烏西卡就意外發現其實腐海扮演了淨化的角色，淨化人類所製造出的毒，只是在淨化過程中，又會釋放出毒氣，但終究會被新生的腐海植物所繼續淨化。在真實的自然界中，不也是這樣嗎？我們製造出的毒素，也需要許多分解者的協助，而那個過程也同樣是我們所不喜好的。畢竟誰喜歡東西爛掉、臭掉的情況呢？雖然我們不喜歡它，但這個過程又必須存在，否則物質循環、毒素淨化將完全停擺。
在宮崎駿的作品常可以感受到隱含的意識，像這部作品就是這樣，扣掉娛樂性之後，看見的就是對環境的無力感。世界並沒有因為王蟲離來後就變得更美好，大家的生活型態依舊不會改變，腐海依舊存在。對人們而言，消滅腐海就是增加自己的生存空間，但實際上也就意味著毒素將繼續存在著。在現實生活中的我們，倒也不難發現週遭其實就有腐海，而我們則是繼續協助腐海的擴張。
