2010年11月28日

Foldit-蛋白質褶疊遊戲

Foldit這款遊戲非常單純,玩家做的是就是褶疊蛋白質,而這個遊戲還可以協助科學研究



基本原則就是讓蛋白質的三級結構褶疊的愈小愈好,而且要把疏水端(hydrophobics)藏起來,分子間還不能有碰撞。

那它和科學研究有什麼關係,維基百科裡這麼寫著的

Foldit是一個實驗性的蛋白質摺疊電子遊戲,由華盛頓大學電腦科學和專案學系和生物化學學系(同一批人中,很多人也參與建立Rosetta@home)聯合共同開發。第一個beta公開測試版在2008年5月釋出。

Foldit提供一系列教程,讓使用者試著操縱簡單的類蛋白質構造,並定期更新以真實蛋白質結構為基礎的謎題。該程式讓使用者在工具輔助解謎,就能夠得出實際的蛋白質模型。每當結構被變動,一個"分數"會根據摺疊的完善程度給出。Foldit使用者可以創立加入小組,分享各自的方案。也有小組高分榜。

生物製造主要蛋白質結構的方式(蛋白質生物合成)在理性上已經為人類所瞭解,此即蛋白質DNA測序的方法。決定蛋白質主要結構轉化為功能性三圍結構(蛋白質分子如何「折疊」)是更為困難的;雖然大致的程式已經為人所知,但蛋白質結構預測還是需要大量的運算。

Foldit嘗試利用人腦天生的三維pattern matching能力。目前該程式出的謎題都是基於已被人們清楚瞭解的蛋白質;透過分析人類在解這些謎題時的直覺思考途徑,研究者希望能改進現有蛋白質折疊軟體所用的演算法

Foldit是結合眾包分散式計算所得的成果。


之前用到分散式計算的還有那個在家幫忙找外星人的Seti@Home還有Folding@Home
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Seti@Home

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Folding@Home

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除了Foldit以外,目前還有另外一款由 Carnegie Mellon UniversityStanford University合作開發的遊戲EteRNA
http://eterna.cmu.edu/content/EteRNA
應該也有類似的性質,不過目前還沒有全面開放,還是處於封閉測試的狀態。
這個號稱Played by Humans, Scored by Nature的遊戲真是令人期待啊!

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