阿簡生物筆記

大約1年前
岳母大人煮了肝連給我們吃
於是我寫下了肝連是橫膈這篇文章

今天我到大賣場看到了居然有賣「白酌肝連肉」


因為很多人大概沒看過肝連
所以我買了兩個回家拍了一個短片
給各位看看囉




為什麼叫作「白酌」呢？

DNA也可以作成卡片遊戲，相信嗎？
不得不信啊
我手邊就有一套！




這是怎麼來的呢？
東京工業大學自2006年開始舉辦了「東工大生物競賽」
160的大一學生以7到8名為一組
要以中小學生為對象來開發簡單明瞭的生物教材
最後公開發表接受評比
比賽發表的照片在此
http://www.titech.ac.jp/news/j/news060123-2-j.html



在21組的作品當中
2006年的優勝作品就是「DNA卡片遊戲」
之後Leave a nest公司將這個優勝作品商品化在網路販賣

這是商品販賣的網址
https://www.feelsobio.net/shop/card.php

產品的介紹在此
http://www.geocities.jp/dna_card_game/index.html


包裝裡有

3色鹽基卡片(ATGC)各15張，合計180張特殊卡片 共30張(突變卡、基因操作卡片、基因異常卡...等等)得分卡片 27張(包括氨基酸卡片、開始及結束的密碼子卡片、加分卡片）密碼子得分表 4張遊戲流程表 1張12面骰子 1個遊戲說明書 1本橡皮筋 6個(綁卡片用)
如果你對遊戲的流程有興趣可以看說明書
https://www.feelsobio.net/shop/manual/card.pdf
內容跟實體的是一樣的


遊戲流程簡單的說就是

把卡片混合切牌後
每人拿五張
每次出1對卡片
3對成為1組密碼
對照表放入氨基酸卡片(卡片上還有寫這些氨基酸的特性或功用)
最後看誰先組出stop code後讓遊戲結束

每個密碼對應出的氨基酸有不同分數，
卡片的顏色配對越多也可以加分，
另外那些特殊卡片出現之後也有不同效果
有些是讓整組coden失效無法得分
有些是使鹽基改變位置或換掉
最後統計總分決定輸贏

我怎麼會有這套遊戲呢？
還不是託人從日本買回來的
所費不貲啊

http://svs.gsfc.nasa.gov/documents/available.html
NASA真是寶庫啊
他的Scientific Visualization Studio提供了很多的kml檔案

內容包羅萬象
從水圈到人類活動，有許多的類別
有些有最新的時標(Timeline)功能
就是讓你在google earth上可以看到隨著時間變化，景物的變化

例如可以看非洲的森林大火每天是怎麼蔓延的
或是大氣在不同季節的改變

好好利用，這可是極佳的多媒體

其實早就該來po點感想了
只是最近外務太多了

看看評審的講評吧



能得獎真的很高興啦。
也感謝大家的祝福

就算沒有得獎
我還是會繼續blog下去的

頒獎典禮那天
看到好多網路上的人物的廬山真面目
真是一大收穫
原來那些在電腦後面的人長這樣啊！

另外頒獎典禮的人不論是頒獎的或是得獎的
說話都是長篇大論
結果典禮快到十點才結束
我還是覺得感言精簡就好

參加這個比賽以及典禮除了獎金這個收穫外
還有其他的

會場巧遇我在越南教過的學生荷安，不過他是台灣人啦。現在在輔大唸書，到會場來拍片實習的會場巧遇我在墾丁當解說員的搭檔淑娟，雖然是台大植物系畢業，但現在是萬芳的家醫科醫師。更巧的是現在居然和梅子的弟弟輪到同一間病房。頒獎給我的隆欽(第一屆的得主)好面熟。典禮後攀談，結果我們大學是同屆的，而且住在同一棟宿舍。透過獎項公佈的網頁，讓高中的社團學妹佳玲找到我了。我們可是快十年沒見面了。對當天典禮有興趣的可以到flickr看看

哈，聖誕節快到了
雖然大家應該都忘了我們還有一個行憲紀念日日

日本??社推出了可愛聖誕卡。
知道中間的圖案是什麼嗎？


其實那是葡萄糖啦

要當一隻寄生蟲是很辛苦的
首先得耗費心力找到宿主
然後專心長大
最後還要找機會逃出來
運氣不好的寄生蟲還得在青春期逃出來找最終宿主

今天在網路上看到鐵線蟲的影片
那就來說說他的故事吧

鐵線蟲，英名Gordian worm。屬於線形動物門
小時候是住在水中的
好不容易找到宿主如蟋蟀或螳螂之後
專心寄生長大後要準備逃出宿主

他會分泌特別的物質去影響宿主的神經系統
然後讓宿主跳到水中自殺
然後就可以順利出來了

不過萬一在逃出的階段花了太多時間
那麼就會有另一個危險發生
就是被魚或青蛙吃掉
於是他得快速再度逃出一次
不然就會被消化掉

說這麼多，還是來看看影片吧！
進VCR

這隻蟋蟀被迫想不開跳水自殺，然後...


有些時候得從青蛙的嘴?出來


或者從魚的身體出來


有時候還會被騙出來，看看這篇鐵線蟲再現，了解一下他是怎麼被騙的

微軟的PowerPoint以及OpenOffice.org的Impress
這兩種簡報軟體的使用相當相似
都是所見即所得的軟體
想體驗開放式原始碼的軟體
可以從用Openoffice.org開始


如果不安裝軟體，也有其他方式可以作簡報
那就是用網頁來作簡報

我最喜歡用的是s5，所謂s5就是
Simple Standards-based Slide Show System

在html檔上作修改後，就可以用瀏覽器來作簡報了
在ie或firefox都可使用

網路上對這個的討論極多，請各位參考
http://jedi.org/p4/slide/20041102/root-2.html
投影片空手道 — 南拳篇

http://irw.ncit.edu.tw/peterju/webslide/s5/
網頁式簡報系統

http://people.ofset.org/~ckhung/b/clr/slide.php
用網頁做簡報

http://blog.xuite.net/balibaz/DaRen/20557
s5的中文說明

***************
s5做出來的效果主要是條列式的效果

但如果想使用高橋流的簡報呢？

當然PowerPoint或Impress都可以作高橋流

可以參考以 OpenOffice.org Impress 實作「Lessig/Hardt/高橋」風格簡報


如果想用瀏覽器來作高橋流簡報
也有人做出檔案了(takahashi.xul)
這是官方網站，不過都是日文的
http://piro.sakura.ne.jp/xul/applications/takahashi-r/

當然也有人做出翻譯了，你可以在以下連結網頁看到怎麼用這個takahashi.xul編輯簡報，
此外在這個網站也有中文化的檔案可以下載
http://blog.derjohng.com/2006/04/12/takahashi-method-%E7%B0%A1%E5%A0%B1/

對我來說比較不方便的是，目前這個簡報還沒有辦法在ie上播放。
所以如果要在沒有ie的電腦上播放，除了安裝firefox之外，或者也可以使用portable firefox

這些網頁式簡報的最大特色就是簡單
用鍵盤就可以完成所有簡報編輯了
也就是我喜歡的理由
因為我不大喜歡用滑鼠啦


另外雖然是在瀏覽器播放
但使用方向鍵或PgUp或PgDn都可以控制前進或後退

之後我會繼續介紹Dxpresenta…

長得高除了可以打籃球以外，還可以作什麼。

告訴你，還可以救海豚。



這位世界最高的男人包先生(高236公分)救了兩隻海豚。

方法就是用他106公尺公分(我在亂寫什麼)長的手臂伸入海豚的胃中，然後把塑膠袋拿出來。(白色毛巾是用來包住海豚的牙齒)







我想海豚可能會暫時憂鬱好一陣子吧



powered by performancing firefox

這則新聞來自BBC

英國科學家發明了一種手持裝置，可以比人眼看見更多的色彩。
這種裝置使用的系統稱為The Image Replication Imaging Spectrometer (IRIS) system。
我們視網膜的感光細胞只能感受紅、綠或藍3種顏色。
但是這套系統可以感受的顏色至少32種

也就是說在可見光的光譜中，人眼就是切三塊，而這套系統可以切32塊
因此對色彩的分辨可以更清楚

下面這圖就是其中一種應用
可以用在觀察視網膜上血管分佈的情形
透過這套系統可以很清楚分辨充氧血及減氧血
(圖上紅色的是充氧血、藍色的是減氧血)

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正好最近有個新聞提到了Chinese river dolphin

Chinese river dolphin在大陸是稱為白鱀豚
原本是心跳一百俱樂部的成員之一
最近剛被除籍
不過不是好消息

由中國、美國、瑞士、日本、英國、德國六個國家組成的長江淡水豚類考察隊
從11月初開始從宜昌到上海作了考察

考察前，原本估計白鱀豚至少還有50隻
考察完，一隻都沒有找到

科學家說這可能是第一種被人類消滅的鯨種生物
真悲哀


官方網站在此：http://www.baiji.org/
詳細新聞請至http://news.google.com.tw/ 搜尋白鱀豚

邁阿密大學生物系的Nathan Muchhala利用特別的吸管研究Anoura fistulata這種蝙蝠，發現他的舌頭長達3.4吋，是身長的1.5倍。

如果我是牠的話，我就會有超過3公尺的舌頭啦！

同時，也有另一篇文章也在研究蝙蝠，普林斯頓大學的Richard Holland研究了大棕蝠，發現這種蝙蝠居然也會偵測磁場。他們把蝙蝠放在人工磁場的環境，把磁場亂轉居然會讓蝙蝠找不到回家的方向。

以上兩篇文章發表在最近的Nature。

http://blogsci.com/science/humans-are-sill-evolving#more-137
今天讀了這篇文章，才知道原來牛奶和人共演化的關係了

自從我斷奶以後，家裡就沒給我喝奶了。
事實上我家也很少有喝奶的習慣。

但是我從大學以後開始喜歡喝奶，
但是喝多就拉
原來我有乳糖不耐症
控制產生乳糖酵素的基因在我長大的過程中被關掉了
因此我就不能消化乳糖了

不過我不孤單
95%的亞洲人都有乳糖不耐症
而歐洲人並不多

科學家研究歐洲、非洲那些能喝奶的人，有了重大發現
原來他們的基因突變啦！

他們產生乳糖酵素的基因在長大後並未關閉
而每個能喝奶的地區有各自不同的突變基因
而這四個突變的基因在基因組的位置都相當接近
而且是獨立產生，彼此不相干

更重要的是這些基因突變的年代大約是7000年前
那正好是人類開始養牛的時候

這代表著因為養牛喝奶的選汰壓力使得突變後的基因得以流傳到後代子孫啊
我們的基因跟著牛奶一起演化(應該說他們啦，我的祖先忘了養牛)

而牛奶的基因也跟著人演化
他們研究了歐洲地區牛奶蛋白質基因的多樣性程度
發現和乳糖酵素基因在地理區上幾乎吻合

也就是說牛奶因為人擇的關係，和人的乳糖酵素基因也一起演化

這可是除了寄生蟲與人共演化的例子外，
第一個非疾病相關的共演化例子哩。

談到簡報除了Powerpoint做出的條列式風格外
還有別的手法
那就現在十分出名的高橋流

一般條列式風格的簡報
配合把螢幕塞滿了字
然後把燈關掉
簡報者變成朗誦機
聽眾可以馬上睡到結束

日本的高橋征義先生在一次十分鐘的簡報準備時
他因為不想使用Powerpoint作簡報
於是創造出一種嶄新的簡報技巧
特色是
1.每張投影片的字都超大
2.每張投影片只會有簡單明暸的一句話或關鍵字
3.通常沒有圖
這種簡報技巧稱為高橋流簡報法

這裡有高橋先生用高橋流簡報法介紹高橋流的範例
http://rubycolor.org/takahashi/takahashi/img0.html

我在最近幾次公開的演說中
都用這種方式進行我的簡報

優點是
1.極有魄力，聽眾很難睡著
2.字極大，坐在最後面都看得到
(傳統的簡報方式中，螢幕上的字越多，後方的聽眾越不容易看清楚）


高橋流簡報法還可以結合另外一種簡報技巧
monta method

這種是常出現在電視節目中的方法，原本是出現在日本的電視節目
這個名字來自於Mino Monta這個電視節目主持人在節目中所用的手法
但現在你在台灣的電視節目中也可以常常看到

想像一下講心理測驗或星座的電視節目
專家會問一個問題，答案有ABCD
然後會拿一個牌子，上面有選了ABCD之後，你的心理狀況會是如何的答案
但答案都被紙蓋住，所以專家講到A答案的時候，就會把A答案的紙掀開
這種手法就是monta method

另外和高橋流簡報很像的，就是Dick Hardt所作的簡報
在他這場講Identity 2.0的12分鐘簡報中，居然用了600張投影片
他的簡報非常精彩，很像電視廣告
有興趣了解的可以到下面網址了解
http://www.identity20.com/media/OSCON2005/


這種簡報的特色不同於高橋流的部份
1.投影片中會加上圖片
2.一張投影片中出現的大多是一個字，而不是一句話（高橋流通常是一句話）


綜合以上
要呈現一場精彩而且非傳統的簡報
可以有以下的特點
1.每張投影片只需要有一個關鍵字或一句話
2.每張投影片的字都放到最大
3.在需要引起群眾注意的投影片內容中，使用monta effect去遮掩
3.背景和字應該是對比色（例如黑底白字或白底黑字）
4.簡報者必須非常熟習簡報順序和內容，
最好的呈現方式是講者的內容和下一張投影片能同時出現
如同Hardt的簡報一樣


當然根據不同的需求，也應該有不同的簡報方式
只是因為我們看過的…

剛剛看了CNN的新聞說到
伊波拉病毒在剛果及加彭地區大概殺了5500隻大猩猩
大猩猩的族群量已經不大了
因為伊波拉病毒的關係又再減少了
可能下一次就是輪到我們了
相關新聞連結
http://www.cnn.com/2006/TECH/science/12/08/ebola.gorillas.ap/index.html

去年的這個時候也參加過這個研習會
這個研習會是思源科技教育基金會所主辦
地點是在交大

上午的研習包括
思源科技創意大賽得獎隊伍的展示
余岳川教授-化學魅力學-快樂教化學
杜正恭教授-另類思索台灣的科技教育-科技人文與哲學的融合與衍練

下午則是分科的研習除了由參加『思源E-Teaching：金獅獎』的老師分享教案
還有劉月梅老師講『教書是藝術工作』、廖達珊老師講『在這裡遇見美』

以下就流水帳式的記一些筆記吧
學生展示思源創意大賽的影片時，出現了一個問題。
用media player播放影片時，投影機無法出現影片，但是NB卻有影像。
這種問題的解法有多種。這個可能是NB的DirectDraw出了問題(DirectDraw是DirectX中處理視訊輸出的部份)

最簡單就是把畫面切換到只有投影機，而NB的畫面關掉。
或者到Media Player的工具/選項/效能，把視訊加速改成無。

余岳川教授提出了肌覺式示範(Kinesthetic demonstration)這種教化學反應的方式。
作法是把自己的身體當作一個分子，手代表鍵可以和別人連結。

很巧的是在下午劉月梅老師示範的核甘酸組成核酸也是用同樣的作法。

月梅老師的作法是把身體當作五碳糖，從背後看去，頭為氧的位置，右手、右腳、左腳、左手分別為為第一到第四個碳。學生和學生之間就可以用手連結成核酸。

用折紙來教學的部份，在這次數學和物理科都出現了。
數學科是用折紙來教立體幾何，物理科則是製作光譜儀。

看材料，我想是和日本的吉田英一所作的光譜儀差不多的東西吧？不過這我就不確定了
因為我只有看到書面上的資料。

余岳川教授的演說很有趣的，簡報中放了一本名為魚就是魚的繪本故事。
這是一條魚和蝌蚪的故事。小魚和小蝌蚪生活在同一個池塘中，小蝌蚪變成青蛙後離開了池塘。一天回到了池塘中和小魚說起外面的世界，看到了哪些生物。小魚因為沒有出過池塘，所以沒辦法在腦海中形成正確的生物模樣。比如說小蝌蚪眼中的鳥，在小魚的腦中就變成了一隻長了翅膀的魚。余教授透過這個故事在告訴我們，小青蛙就像老師，小魚就像學生。
所以你教的東西到了學生腦中可能都變了樣。有趣吧，所以我們要幫學生把抽象思考轉換成具象思考。這就要靠教學媒體的協助了。

余教授還提了一個鼓勵學生發言的方式，就是讓學生抽號碼牌(號碼牌當作座號，你知道的，大學生哪記得自己座號幾號)，只要學生發言就加分。人長得越大越不敢發言啊。

余教授還示範了一些實驗，…

http://www.maxanim.com/

內容有以下這些分類，大概幾十個動畫
Genetics Animations
Biochemistry Animations
Immunology Animations
Physiology Animations
Microbiology Animations

動畫的介面很不錯
可暫停、有時間軸還有字幕選項
還可以直接下載壓縮檔


上頭的商標是麥格羅?希爾（McGraw-Hill）公司
不過這個網站似乎不是麥格羅?希爾旗下的

12月8日這天到了宜蘭復興國中研習
不過這一次不是當學員，而是當講師

我和邀我前往的吳月鈴老師其實從來沒見過面
這次會過去
完全都是因為這個blog
因為她覺得這個blog還蠻有趣的
所以就邀我過去分享

這次的演講中
我的主題有三項
1.單式顯微鏡
2.科學的摺紙模型
3.網路搜尋技巧

因為內容中有很多網路資源
所以我事先將用到的這些網站連結放在我的wiki當中
有興趣的可以在
http://a-chien.pbwiki.com
當中找到

復興國中真是個優秀的學區
隔壁就是文化局
後面就是宜蘭大學
而宜蘭高中就在附近
應該是一所大家都很想把學生送進來的學校吧

和吳老師和吳組長哈啦一陣子之後
看到研習的海報和手冊
這還真是嚇壞我和梅子了
海報上和手冊的講師介紹居然是我們的婚紗照
哇?各位有看過嗎？
雖然前一天已經被告知了
不過如果能問一下用哪些照片會更好啦
因為梅子其實比較喜歡別張婚紗照啦
哈哈

在這次的研習當中
顧慮到是下午很容易睡著的時間
所以我安排的是實作課程
用的簡報也不一樣
手法是高橋流風格
軟體是DXPresentation

第一節結束後
大家來問的反而是簡報軟體比較多
其實這是預料之中的事
我也很愛這套軟體
我會在近期把高橋流和這套軟體的操作放在blog當中
所以請有興趣的朋友們等待

這次的簡報準備花了不少時間
整體說來我覺得還不錯
使用高橋流簡報的有個前提是講師必須很清楚順序
後來講得太high就有點忘記順序
這樣就有點塞了

另外梅子的建議是可以把前言多說一些
也就是使用這樣的教學方式的原因應該讓聽眾多了解
整個演講會更順


離開復興國中之後
我們直奔太平山
晚上的星空意外的清楚
月亮還沒出來
天空也沒有雲
正是看星星的好時機

我回房拿了NB
開啟我演講中介紹的Stellarium軟體
這是一套星象軟體
開啟night mode
也就是把畫面中的白色部份調成紅色
我就可以拿著電腦當作星象盤當場和我爸介紹天空的星座

因為它還可以把星座的繪圖呈現在天空中
比如說在獵戶座的位子就有獵人的樣子
所以就很容易對我爸解釋星座

我個人認為這套軟體很適合用來追女朋友啦
帶著NB上山去認星星
哇多浪漫
(其實用星座盤就可以啦)

看看那隻小熊貓打噴嚏！！開喇叭更有趣

影片從一群螞蟻搬蝗蟲開始
然後一隻螞蟻開始掙扎
接著就看到真菌開始從蟲體冒出
那就是冬蟲夏草啊！
經版友指正，這個不能叫冬蟲夏草啦。
因為那是蝙蝠蛾科幼蟲被寄生的現象。
那...這是什麼真菌呢？

教高中的應該很有用啦
不過要你們有時間玩才可以

材料
1.已經印好核甘酸序列片段的紙
2.mRNA Coden對應氨基酸的表
3.貼DNA片段的紙
4.膠水

方法：
1.在第一項材料中給學生五張紙條，上面印好如下的字

片段１ ＡＴＡＣＡＣＴＧＧＧ
片段２ ＧＴＧＡＴＡＣＧＧＧ
片段３ ＣＧＧＧＡＴＡＣＡＣ
片段４ ＴＣＡＣＴＣＣＴＧＣ
片段５ ＴＧＧＧＴＣＡＣＴ


2.學生要能夠去拼湊出完整的組合，然後貼在紙上
片段１ 　　　　　　　　　　ＡＴＡＣＡＣＴＧＧＧ
片段２ ＧＴＧＡＴＡＣＧＧＧ
片段３ 　　　　　　ＣＧＧＧＡＴＡＣＡＣ
片段４ 　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　ＴＣＡＣＴＣＣＴＧＣ
片段５ 　　　　　　　　　　　　　　　　ＴＧＧＧＴＣＡＣＴ

3.湊出的完整序列如下
ＤＮＡ ＧＴＧＡＴＡＣＧＧＧＡＴＡＣＡＣＴＧＧＧＴＣＡＣＴＣＣＴＧＣ

3.然後把DNA序列轉錄成mRNA
ｍＲＮＡ ＣＡＣＵＡＵＧＣＣＣＵＡＵＣＵＧＡＣＣＣＡＧＵＧＡＧＧＡＣＧ

4.再根據Coden表去轉譯正確的氨基酸序列如下
開始ＭｅｔＰｒｏＴｙｒＬｅｕＴｈｅＧｌｉ停止

整個過程比的就是速度和正確性
最後輔以犯罪偵察、親子鑑定、基因組計畫等議題


參考資料
http://db.ice.or.jp/wakaba_docs/contents/hsrika/49/4900.pdf

這個活動還可以結合把氨基酸的序列長條接成三級結構的活動
這個活動我曾經在香港生物教育網看過照片。

看到這個標題，不要太情色
我今天要談的是知識，不是姿勢

這18種生小孩的方式
1. Natural sex-自然性交
2. Artificial insemination -- of mother with father's sperm人工授精-母親+父親的精子
3. Artificial insemination -- of mother with donor sperm人工授精-母親+捐贈者者的精子
4. Artificial insemination -- with egg and sperm donors, using surrogate mother人工授精-精卵皆使用捐贈者提供的，並且需要代理孕母
5. In vitro fertilization (IVF) -- using egg and sperm of parents試管嬰兒胚胎植入-使用父母的精卵
6. IVF -- with Intra-Cytoplasmic Sperm Injection (ICSI)試管嬰兒胚胎植入-直接將精子注射入卵細胞的細胞質
7. IVF -- with frozen embryos試管嬰兒胚胎植入-使用冷凍胚胎
8. IVF -- with Preimplantation Genetic Diagnosis (PGD)試管嬰兒胚胎植入-植入前先檢驗遺傳疾病
9. IVF -- with egg donor試管嬰兒胚胎植入-使用捐贈者的卵
10. IVF -- with sperm donor試管嬰兒胚胎植入-使用捐贈者的精子
11. IVF -- with egg and sperm donor試管嬰兒胚胎植入-使用捐贈者的精卵
12. IVF -- with surrogate using parents' egg and sperm試管嬰兒胚胎植入-用父母的卵，但須代理孕母
13. IVF -- with surrogate and egg donor試管嬰兒胚胎植入--使用捐贈者的卵，須代理孕母
14. IVF -- with surrogate and sperm donor試管嬰兒胚胎植入-使用捐贈者的精子，須代理孕母
15. IVF -- with surrogate using her…

盲點測試的方式除了紙上畫點測試以外
還可以有更pro的作法
那就是用盲點讓老師的頭變不見！

步驟是這樣的
1.老師左手持一粉筆向左方伸直
2.學生站在粉筆前方閉上右眼，以左眼直視老師手中的粉筆
4.在適當的距離下，老師的頭就會不見

這個距離大約是2公尺到3公尺
距離的長短除了和學生的中央窩有關之外
還有一個重要因素--老師的頭！

還好我頭不大
所以差不多2.5公尺
學生就可以把我的頭變不見