阿簡筆記暫時荒廢公告

最近阿簡比較少來記點筆記，除了因為暑假沒上課就沒靈感之外。另外的原因是最近忙著玩單車啦。

前幾天騎單車上中橫之後，8月份我離開行政職務之後，會去單車環島一週，所以這個blog會暫時荒廢一個月。

基改科技與生活之紮根教育研習營

上個禮拜7月4日、5日去竹南的台灣動物科技研究所參加了基改科技與生活之紮根教育研習營。

第一天是四場演講及座談會，主題和講師分別是

• 哺乳類動物基因轉殖及複製　台灣動物科技研究所 杜清富組長
• 魚類(經濟魚與觀賞魚)基因轉殖與生活　台大分子與細胞生物學研究所　蔡懷楨教授
• 基改食品規範與生活　衛生署食品衛生處　林信堂高級研究員
• 植物基因轉殖與生活　台大植物科學研究所　葉開溫教授

第二天是實習課程

• 取小鼠胚技術實習
• 基因顯微注射技術實習
• 胚移置技術實習
• 轉殖基因螢光鑑定技術實習
• 抽RNA

參加這個研習營實在很有收穫，幫我澄清了一些觀念，另外也操作了一些基因轉殖的方式，像是做基因顯微注射，雖然以後未必用得到。

以下是我做的筆記，大概也只有我看得懂吧？

• 基因轉殖已經可以跨「界」，突破種間的限制。人的胰島素基因可轉殖到植物，或是把抗凍基因轉殖給草莓。
• 基因轉殖家禽家畜是以人為的方式使家畜禽帶有一段外來遺傳基因，可表現所期望的性狀，並且可健康地傳給後裔，後裔可穩定表現相同性狀。這個外來的基因必須能夠性腺傳承，如此才能傳給下一代。
• 基因改造(Gene Modification, GM)包含基因轉殖(Transgenic,Tg)和Gene knock out and knock in。
• 哺乳動物基因轉殖和複製技術包含胚原核顯微注射法、精子載體法、反轉錄病毒轉染法、核轉置法。
• 用HIV病毒顆粒可以去感染不易分裂的細胞，如神經細胞。未來可能可以使有問題的神經細胞重新製造多巴胺，用以治療阿茲海默症。

基因轉殖技術的應用

1. 研究大部分DNA序列在活體所扮演的角色和功能。
2. 改變家畜經濟性狀
1. 改善生長速率、提高飼料效(增加植酸、纖維素消化)
1. 消化植酸的環保豬，可以減少豬糞的磷、生長性能增加。最近有新聞喔！環保豬 只吃草 糞不臭
2. 改變畜產品性質：豬肉品質提高、牛奶具有人奶的成份
3. 健康食品：抗過敏羊奶、養生羊奶、雞蛋
4. 抗病、抗熱等：如豬乳鐵蛋白基因轉殖豬
   
3. 當作家畜藥廠：生產具醫療價值及高價蛋白質，至少60種醫藥蛋白質，例如人類第八、九凝血因子
4. 異種器官移植
5. 臨床實驗動物
6. 生物鋼：基因轉殖山羊生產蜘蛛絲
   

• 複製動物的問題：複製成功機率低於1％，染色體的telomere減短提早老化（但尚無定論，牛、豬無此現象）、基因之再程序化（就像在跑程式一樣，已經跑到1000多行了，要它再重跑一次，會不會有問題？）、受核卵的來源、巨胎現象
  

• 近年有新的基因轉殖的模式生物：斑馬魚(Danio rerio)、稻田魚(Oryzias latipes)，後者又稱青鱂魚，卵生，日本稱為目高，台灣也有野外種(以前？）。
• 魚類的模式生物優點：基因轉殖簡易，可直接觀察基因表現。胚胎透明，可觀察發育的動態表現，可觀察早期胚胎發育過程。有些斑馬魚突變種特徵與人類疾病相似，可用來研究人類疾病機制、基因治療及藥物篩選。卵徑大，用光可控制排卵，每天可以排卵，無排卵期，成熟期2、3個月，基因體大小只有哺乳類的20~40 %。
• 利用精子載體法是近年來魚類轉殖的新技術，簡單、方便，一次可處理數以萬計的魚卵。
• 魚類轉殖外來基因成功例子：將北極區魚類的抗凍蛋白基因轉殖到大西洋鮭。轉殖GH基因，直接在染色體增加基因套數，可達成永久性的效果，可使魚成長快速。
• 轉殖基因是否能成功取決於：需在一細胞期就轉殖，否則會產生部份器官組織沒有外來基因，形成鑲嵌體(mosaicism) 。有些轉殖基因未嵌入基因組中，導致後代未必能穩定存在轉殖基因。
• 在藥物的安全檢測上，可以用魚的胚胎發育，了解孕婦用藥是否會影響胎兒的血管發育。有些藥品會影響瓣膜發育，使血液逆流，利用魚胚來實驗，可以確認孕婦是否可以用此藥。
• 以螢光劑注射產生的螢光魚，眼睛不會產生螢光。
• 真正的螢光魚是基因轉殖魚，把外來的DNA片段注入受精卵中，經過培育、外表篩選、DNA檢驗，能穩定遺傳。外來的基因是由魚本身的啟動子加上水母綠螢光或珊瑚紅螢光所組成。
• 基因轉殖技術應用在水產養殖，可以生產耐寒、耐鹽、抗凍、抗病、生長迅速、肉質佳的種苗。但須注意不能對生態環境造成衝擊：生長快的相對是環境的優勢族群，如果逸出，會影響生態平衡。解決的方式是讓基因轉殖的後代沒有孕育能力（處理成三倍體或性轉變）。
• 世界上第一個基因改造食品是基因改造蕃茄，於1994年美國加州上市。
• 市面上基改食品的呈現方式有三大類：食品本身含有新基因（如抗除草劑的黃豆）、加工食品成份含有新基因（如基改黃豆做出的豆腐）、純化精製的食品，純化後不含新基因（沙拉油、玉米澱粉）
• 基因改造作物的四大議題：食品安全、環境生態、社會倫理、國際貿易
• 基改生物當食品或飼料的安全疑慮：改變原有成份的含量（營養成份、毒性、過敏原）、產生新成份。
• 基改生物對環境的影響疑慮：基改作物藉花粉傳播基因改變野生種、基改生物成為優勢物種，全球作物品種單純化。
• 社會倫理的疑慮：吃素的吃到動物基因，科學家扮演上帝，違反自然。生命智財權
• 全球四大基改作物：大豆、玉米、棉花、油菜。特性以抗除草劑、抗病蟲害為主。
• 2006年時，基改大豆佔大豆總面積70%、基改玉米佔30％以上。
  
• 台灣每年進口黃豆250萬公噸、玉米500萬公噸。基於消費者知的權利及選擇的自由，基改食品必須標示。
• 以基改黃豆、玉米為原料，且佔最終產品總重量5%以上的食品應標示「基因改造」或「含基因改造」
• 以非基改的黃豆、玉米為原料的食品，可以不標示（如金牛角零嘴），也可以標示「非基因改造」或「不是基因改造」（如義美食品）
• 過去有杏仁茶的產品標示為非基因改造，後來都被更正。如此標示會讓消費者誤以為有基改的杏仁，但目前並沒有基改杏仁。
• 以基改黃豆、玉米製造的醬油、沙拉油、玉米油、玉米糖漿、玉米澱粉得免標示「基因改造」。原因：外來基因不會改變油脂組成，精製純化後不會有外來基因片段或蛋白質（已形成核酸、peptide鏈），且現在技術無法檢測。
• 基改抗病蟲害玉米，可減少因病蟲害帶來的黴菌感染，降低黴菌的毒素。
• 基改的黃金米可防治維生素A缺乏症，未來可救助第三世界。
• 基改後高產量的作物，可用於生質能。
• 台灣基改食品的容許量為5%，原因：大宗穀物以散裝進口亦有混雜異物，所以設定容許量。
• 基改食品的相關中文網站：
• http://food.doh.gov.tw
• http://gmo.doh.gov.tw
  
• 從傳統的植物育種來看，作物本就混雜了其他植物的基因甚至染色體。我們現在的作物大多數都不是自然界存在的生物。例如麥子、玉米、蘿蔔、萵苣等。（詳細的圖片資料可見此份簡報檔。)，如果反對吃下外來基因，那這謝古老育種得來的作物其實就帶了很多外來基因，甚至整條染色體。
  

第二天的實習課程，上午我先的是分生部份，真是佩服作分生的人，做的都是看不見的東西，要我從裡面獲得興趣實在有困難。

下午做的是從懷孕母鼠取出胚，注入外來基因，再移到代理孕母體內。這些流程是這群研究人員的家常便飯，我們只是從中插花，學一點的技術。

首先將懷孕母鼠作頸椎脫臼犧牲：把鼠放在籠子上，手抓住母鼠尾巴末端，鑷子架住頸椎處，尾巴往後拉，聽到脫臼聲音後完成犧牲。解剖後剪下卵巢和輸卵管，在解剖顯微鏡下找到輸卵管繖部，把胚沖出來。清理後移置到培養液中，然後在顯微鏡下把DNA溶液用極細的針頭插入雄原核或是雌原核。然後把代理孕母麻醉，從背部動手術，挑出輸卵管，把剛剛基因注射成功的胚送進代理孕母體內。然後就是等小鼠出生，驗基因看是否轉殖成功。據研究人員說，成功率約在一成左右。然後要再讓這些子代繼續生殖。有些情況在數代後，轉殖的基因會消失，不過還好他們會留下早期成功子代的冷凍胚，所以至少不用從頭再來。

比起上午的實驗，下午的有意思多了，至少我看得到我在做什麼，忍不住再度讚嘆作分子生物的人啊。

老鼠以前是解剖過，不過是用乙醚麻醉。這次用頸椎脫臼倒是頭一遭，雖然以前就聽梅子轉述過這種犧牲方法，不過自己動手還是挺五味雜陳的。(我想我還是玩我的屍體就好了)

取出胚之後要做移置，把它從這個培養皿移到那個培養皿。(說是說胚啦，不過這個時候還只是一個卵細胞裡頭有雄原核和雌原核的時期)

移動的方式，當然不會是拿筷子或是湯匙、鑷子去挑，而是要自己拉毛細管套在塑膠管上，嘴巴含著塑膠管吸吐，手口互助來挑胚。跟纖毛蟲挑克隆的方法應該是一樣的。

最有意思的是做基因顯微注射，因為那個畫面常常看到，只是從來不知道應該怎麼做。

有點可惜，我去做的時候忘記拍照片啦，不然就可以圖文並茂來說明。操作顯微注射的顯微鏡外接了很多設備，像是搖桿、旋鈕、機器手臂。看起來還真像是在玩電動。

首先得用遙桿、旋鈕等操作左邊的大吸管，把卵吸住，又不能吸得太用力，不然會像吸豆花一樣，把卵吸爆。然後操作右邊的毛細管做成的針插進細胞裡的雄原核。也要注意不能插太久、拔太慢。不然細胞會脹破或是或是核膜、胞膜破掉。

兩天的研習很有收穫，不過聽主辦單位說，各地的教育局不太支持，所以也就沒什麼人參加。很可惜耶，我原本以為會看到很多熟面孔，沒想到沒有一個認識的。

這場會議的資料可以在
http://www.atit.org.tw/tg/tg/index.htm
的相關研討會裡下載，雖然網站放的是前幾年的資料，不過很多和今年的差不多，另外也有些實驗操作的影片。

抗議！竹子裡本來就有猴子臉！！

今晚看新聞的時候，梅子突然驚呼「你的猴子臉，快來看」。急忙衝到電視機前，原來是TVBS播出了免洗筷上猴子臉的新聞。本來以為只是報導上回提到的那封信，沒想到讓我更受不了的事情又發生了，我有倒楣感溢出來的感覺。

事情的由來請先看這一小段新聞(下方圖片是晚上到tvbs的首頁截下來的，還是新聞頭條哩)

猴子臉照片都是我拍的哩 >_<

免洗筷出現猴臉？　回收筷纖維腐蝕

http://www.tvbs.com.tw/NEWS/NEWS_LIST.asp?no=aj100920070711191859

還在使用免洗筷的民眾要注意了！有人發現，許多漂白過的免洗筷扒開後，筷子的纖維有很多洞，放大看很像猴子臉孔，專家說，正常竹筷纖維非常整齊，會有這種現象，很可能是回收筷子，重新泡鹽酸，導致筷子纖維被破壞，才會有一個一個洞。環保人士最近在網路上流傳轉寄一封信件，裡面是漂白過的筷子折半，再放大來看，中間竟然有一個又一個洞，仔細看，3個洞湊起來是不是很像猴子，我們把環保人士的驚奇發現，拿去給專家瞧一瞧。陳博士連續拗斷好幾支免洗筷，裡面的纖維平整也沒有洞，那麼有猴子臉的筷子是怎麼回事？陳耀寬博士推測是回收筷子。生化博士陳耀寬：「回收木頭或回收筷子，它要清洗，所以會用鹽酸清洗，那鹽酸清洗浸泡後，那鹽酸就會侵蝕腐蝕纖維。」

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以上真是令人生氣的一段新聞！！那些洞叫作維管束，好嗎？專家！

阿簡雖然不是「牛津大學生化博士」，但是阿簡讀國中生物的課本也讀了好幾年。為了世界的和平正義，阿簡一定要提出證據！

梅子晚上煮的一鍋竹筍，馬上就為了世界的和平正義而捐獻出來。

這是梅子煮過的竹筍在顯微鏡下看到的樣子，看見猴子臉了嗎？我們沒有泡鹽酸喔！

這還不夠，阿簡也為了世界的和平正義拿著枝剪冒著大雨衝去外面，把鄰居的竹子剪了幾段回來！

剪下一小段準備放在顯微鏡下

看見沒？看見沒？

也是猴子臉耶。我這個新鮮竹子可也沒泡過鹽酸啊！

是啦，我們觀察植物組織，的確會有用酸腐蝕的步驟，不過那是為了把果膠層或是薄壁細胞溶解。而筷子裡的猴子臉這件事情，其實國中生就有辦法告訴你答案是什麼，實在用不著讓專家來告訴你那是「泡鹽酸，導致筷子纖維被破壞，才會有一個一個洞」。

最後，我還要澄清一件事實，我不是為了免洗筷業者說話，而是要為那成千上萬的猴子澄清事實啊！

延伸閱讀：

• 免洗筷的可怕，我可沒這麼說
  
• 你用的免洗筷是竹筷嗎？

我老婆看了也很生氣啊，看看這篇。

免洗筷的可怕，我可沒這麼說

scipao告訴我最近有封神祕的e-mail叫作「免洗筷的可怕」，裡頭有我猴子臉的照片。不知道猴子臉故事的人請看這篇。

我拿關鍵字「免洗筷的可怕」請教大神，大神馬上給我看那篇簡報的文章，你可以在這裡看到。

這篇簡報中用了我的照片，沒跟我說那就算啦，不過我很介意照片下面加註的文字：
「竹筷子裡的猴子臉當製造過程中燻蒸硫磺或淋雙氧水後, 這些物質就會留在這些猴子的眼睛及鼻子裡面, 等到你用筷子吃的時候才釋放出來」

因為，沒有證據證明那些物質會留在孔紋導管和原生木質部裡。
全新竹筷的兩端雖然還是看得見猴子臉，但是看不見洞。洞可能在切割的製程中被填住了，所以要看見洞需要折斷竹筷。
被塞住的洞有辦法留住簡報裡所說的硫磺或雙氧水嗎？我不知道。
使用筷子的時候就會釋放出來嗎？我不知道。
一切都是簡報作者說的，不是我說的！特此聲明啦！！


簡報作者是誰？我也不知道。

從蛋蛋變雞雞

我從myshare看到有人摘了一篇如何從蛋變成雞(內有未孵化小雞照,膽小勿入)

看完之後讓我回想起在越南吃的鴨仔蛋啊！
雖然這是鴨蛋，不是雞蛋。

吃的時候先用湯匙把一端敲碎，然後把殼拿開，撒一點胡椒鹽，加一點香料植物進去(例如九層塔)。然後用湯匙往下一挖，可能會挖到頭，也可能會是身體。然後呼嚕呼嚕地吞下去。
有時候打開的時候已經長毛了，不過還是一樣呼嚕呼嚕地吃下去，沒什麼。
不過其實我只吃了兩次，第一次是嘗鮮，第二次是裝勇敢把妹。
好啦好啦，我知道看起來很噁，不過你知道的，這裡從來都不是個美食部落格。

用Yahoo pipes收集生物相關新聞

前兩天我們退休的生物老師跟我提到學生很少看新聞也不看報紙，就算有機會看也都是看體育和演藝界的新聞。有時候在課堂上和學生提到最近的生物相關新聞，總是一問三不知。
那位老師建議可以主動印給每班一份最近的生物新聞，雖然未必全部都會看，但至少是個開始，而且每班只要有幾個人看就值得了。

我很贊成這樣的想法，但要如何收集生物相關的新聞呢？我不常看報紙，但卻是個網路重度使用者，所以要我動剪刀剪報挺困難的，因此我要用網路服務來達成任務。這次我需要rss和Yahoo pipes這兩個東西來幫我。

rss是什麼呢？它是一種把網站上文章送貨到府的服務。
沒有rss的時候，你要看阿簡生物筆記的新文章，你必須每天都進來看才知道。有rss的話，你只要訂閱阿簡生物筆記的rss，配合專用的閱讀器，或是放在書籤裡。只要打開閱讀器，或是點一下書籤就可以知道有沒有新文章了。現在大多數的新聞網站都有rss服務了。

Yahoo pipes又是什麼？你可以把網站的rss或其他資料丟進去這個系統裡，然後你給它一些篩選或整理的條件，最後他會產生一個新的rss。

我收集了以下新聞的rss

• 奇摩新聞的科學發展
• 奇摩新聞的自然環境
• Google 新聞 台灣版的科技新聞
• Google 新聞 中國版的科技新聞
• UDN聯合書報攤-科技科學
• UDN聯合書報攤-生活健康
• 科景
• 貢丸的科普部落格
• 台灣環境資訊協會-環境資訊中心(060720新增)
• 人民網(060720新增)

然後到Yahoo pipes裡把資料都丟進去，給了個篩選條件-把重複的新聞標題都刪掉，然後依照標題日期遞減排序，最後生出了個新的新聞rss。
http://pipes.yahoo.com/pipes/pipe.run?_id=iK_KoqYm3BGyM7kndbq02Q&_render=rss
再用Firefox把這個rss直接放在書籤裡，只要我一點書籤，就可以看到這些新聞的標題。

如此一來，我就可以用比較簡單的方式收集到這些生物相關的新聞。之後我打算用Scribus去做出一份A3或B4的「生物週報」。


現在你用這個我生出來的rss，一定會發現個問題，裡頭有很多都和生物沒關係啊？是的，我當然可以用篩選條件把不符合關鍵字的新聞都刪掉，但是那要用多少的關鍵字才夠？所以我才會用「流刺網」把所有可能相關的新聞都抓進來，自己瀏覽的時候再用大腦做篩選。

歡迎各位提供建議的rss來源，或者有更好的篩選方式。

2007.07.05更新
現在我在blog的側邊欄放了我從google reader作大腦篩選出來的生物新聞。現在像老鼠會一樣，我終於套出了個絕對都是生物新聞的rss。（感謝scipao哥哥的建議)
http://www.google.com/reader/public/atom/user/13053061778074455041/state/com.google/broadcast

生態旅遊作業的想法

昨天和梅子聊這個作業還可以怎麼做，大致上有些作法是我未來可以著手的。

• 引言可以是「如果有個外國人來台灣，你要介紹他到台灣哪裡玩？」
• 學生玩過的地方比較少，所以可以先讓學生想有什麼活動可以做？【賞鳥、釣魚、看紅樹林、賞蟹、賞楓、採果...】我可以先把這些活動列出來讓學生勾選。然後再讓學生繼續發展作業，包括什麼時間什麼地點可以從事這些活動。
• 鼓勵以大眾運輸完成點與點的交通，計算整個計畫中會因此產生多少二氧化碳。
• 最後可以邀請旅行社或家長等人協助評選計畫。
• 得獎的計畫可以真的帶出去在暑假實行。