用imagej分析水蚤心跳-kymograph

之前有做過 用Tracker分析水蚤心跳,但其實imagej 就可以做了,忘記當時為什麼只用 Tracker來做?

首先要把分析的影片匯入到imagej當中,這要先安裝ffmpeg才可以。這在之前的imagej教學文章已經提過好多次了。

接下來是分析的方式,基本上就是看圖片的明暗變化,來判斷心臟跳動與否。使用到的功能是stacks裡的plot z-axis profile

Plot of Dynamic Reslice of 水蚤心跳 

 另外還可用 kymograph的方法來視覺化心臟跳動的過程,先在圖像上標示分析的線段後,用image/stacks/reslice,它就會把stacks的每一個frame都切下線段的部份重組成一張圖,觀察圖上的明暗變化,也可以看出心臟跳動的規律性。
  Reslice of 水蚤心跳


橫軸的部份是像素變化,縱軸則是時間(影格)

如果需要即時改變選擇區域,也可以改用 image/stacks/dynamic reslice

這種reslice做出的 kymograph,也可以同時觀察到不同位置的時間變化。

使用說明請見影片

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