前幾天一個學生寫信問我這樣一個問題
阿簡老師你好：
我是動科系（舊名畜產系）的學生，最近老師讓我們用小鼠做生理學的實驗。我們
做的實驗是測驗雌鼠去勢之後對肥胖代謝的影響。
然後結果的觀察有一部分是在實驗結束後取出肝來觀察。我正常的肝會是血紅色，脂肪肝會偏黃色。脂肪肝程度越高，顏色會越淡越黃。
請問老師知道image J有辦法做類似色譜分析（紅色多少％、黃色多少％、藍色多少％之類的）的工作，來量化比較樣本的外觀脂肪肝程度
謝謝老師
詠文上
ImageJ做得到嗎？當然可以，它可是地球上最強的生物醫學影像處理軟體呢！不過怎麼用呢？
我google了一下，找到了這份文件
Colour Analysis Tools in ImageJ這裡頭可是介紹了不少分析顏色的方式呢！
因為這份文件，我才開始能解決一些過去沒能解決的問題。
例如：
有位醫師問我，如何從一張彩色超音波影像中，挑出紅色的面積，那時候我只會手動圈選，不過現在也有解了，
就是用
這裡的plugin【
threshold_colour】
還有一位做細胞免疫螢光染色的研究生，問我如何去量化幾張圖片中的綠色螢光。那時候我只能教他用灰階來看value，不過現在我想到應該可以把圖片以HSB(HSL)模式呈現，去看顏色的飽和度和亮度。
色彩模型有很多種，像是RGB、CMYK或是HSB。HSB模型就是彩度、飽和度和亮度，這種模型符合人類視覺對色彩的感知方式，像是在描述深紅色和淺紅色，只要固定色相是紅色，然後調整飽和度和亮度就可以了。
就以本篇文章最上面那位同學的舉手發問來說吧，這個就很難用RGB模型去解釋，可是用HSB就可以解釋了。
以下就幾種色彩分析的plugin來說明
threshold_colour目的：取出影像中某些特定顏色，加入threshold
來源：
http://www.dentistry.bham.ac.uk/landinig/software/software.html下載後解壓縮，放在plungins資料中，開啟Imagej之後就可以在plugin的選單中找到
Threshold_Colour先開啟欲分析的圖片，再點選
Threshold_Colour，就會出現下圖
右邊的視窗。
你可以調整拉桿去決定你要的顏色，然後勾取Threshold，就可以了
HSB_Histogram目的：分析HSB的分佈。
就像最上面的例子，想知道一張圖藍色有多少、黃色有多少。這個Macros
(怎麼取得，最後再說)和上面那個Plugin的功能有點像，看下面範例的右邊視窗，我就知道整個影像的黃色綠色的分佈比例最多，但是上面那個plugin沒辦法把量化的數值取出來，所以我們要改用別的方式，做出來的結果就是左邊的視窗【HSB Histogram】，其實畫面的高低峰和右邊的【Threshold Colour】一樣，只是畫面的呈現很容易讓人誤會，你可能會以為它分析的是RGB，那是因為它借用了另外一個叫【RGB Histogram】的功能來做，所以畫面長很像。不過沒關係，反正我們只要知道第一個是彩度的分佈，剩下兩個是飽和度和明度。
按下左下角的LIst，就可以把所有量化的數值都取出來了。
因為它是借用【RGB Histogram】來分析，但沒有改標籤，所以自己要知道，red其實是彩度、green其實是飽和度、blue是明度。
以下表中bin為2的那個資料來說明，意思是「這張圖裡，彩度值為2的像素有16個，飽和度為2的像素有5023個，明度值為2的有0個」，需要特別注意的是，這裡用的彩度值不是以360度為度量，而是以0~255來度量。
最後來說來源和取得方式
這個Macro在NIH的官網裡是有比較早的版本(http://rsb.info.nih.gov/ij/macros/HSB_Histogram.txt)，不過執行到最後會有命名的問題出現，所以有更新的版本在
此// Calculates the HSB histogram of an RGB image
// The RGB histograms correspond to the H, S and B components respectively
// Requires Color_Histogram plugin by Dimiter Prodanov
// 14/1/2006 fixed renaming of images
a=getTitle();
if (bitDepth()==24) {
run("HSB Stack");
run("Convert Stack to RGB");
run("Color Histogram");
b=getTitle();
selectWindow(a+" (RGB)");
run("Close");
selectWindow(a);
run("RGB Color");
c="title='HSB Histogram of "+a+"'";
selectWindow(b);
run("Rename...", c);
}
else{
showMessage(a +" is not an RGB image.");
}
把上面這段文字存在記事本裡，存檔為HSB_Histogram.txt
然後開啟Imagej，用Plungs/Macros/Install，去選這個HSB_Histogram.txt來安裝，然後就可以在Plungs/Macros裡看到HSB_Histogram的功能了。
開啟影像選HSB_Histogram，就會出現上面那張圖的樣子了。
祝福大家分析色彩愉快！
