生物影像處理分析軟體ImageJ

最近要來介紹一個地球上最強的生物影像處理分析軟體
ImageJ 下載位置 http://rsb.info.nih.gov/ij/

這套軟體的特色

• 免費！
  
• 跨平台執行：因為它是架構在Java平台上。不管是Linux還是Mac或是Windows都可以執行。
• 開放原始碼：由美國國家衛生院(NIH)所發展的軟體，屬於公有領域 (Public Domain)。
• 強大社群支持：有許多使用者和程式設計者不斷發展程式的延伸。
• 支持巨集Macros：可以藉此自動化執行程式
• 有許多超過300個的Plugin
• 處理速度快
• 支援許多檔案格式

說了這麼多特點，應該還是不知道這套軟體的強處在哪，在之後的幾篇文章我會簡介一些用途。

以去年我帶的科展為例

• 做花粉管的那組，需要計算花粉管的長度
• 做藤蔓植物的那組，需要計算藤蔓的長度和角度
• 作黴菌培養的需要計算面積

上面的需求，這套軟體都辦得到！這些對它只是雕蟲小技。
對作研究的人，熟悉這套軟體的操作，絕對可以讓實驗數據處理更加精確和簡單。

以下是一些教學範例
測量蝴蝶翅膀面積(日文)
http://www.geocities.jp/solenogyne/kisojikken-text2.pdf

葉面積測量和細胞計數(英文)
http://rsb.info.nih.gov/ij/docs/pdfs/examples.pdf

自行車角度測量(日文)
http://thinkbasis.net/jp/main_news.0.html?&tx_ttnews%5Btt_news%5D=39&tx_ttnews%5BbackPid%5D=6&cHash=fb06242c60

跑膠分析(英文)
http://www.mun.ca/biology/dinnes/B2250/Lab2/ImageJ.htm
http://www.twu.edu/exphys/pdf%20files/Gel%20Analysis%20of%20Lipoprotein%20Particle%20Diameter%20and%20Distribution%20Using%20ImageJ%201.35a.pdf

花粉測量(簡體中文)
http://www.planta.cn/forum/viewtopic.php?t=3898

測量細胞(英文)
http://naranja.umh.es/~atg/tutorials/VGIV-MeasuringCellsImageJ.pdf

細菌與病毒的計數(英文)
http://links.baruch.sc.edu/scael/notebook/imagej_counts/counts.html#1


http://www.uhnresearch.ca/facilities/wcif/imagej/

Plugin下載
http://rsb.info.nih.gov/ij/plugins/index.html
http://ij-plugins.sourceforge.net/
http://bij.isi.uu.nl/
http://www.optinav.com/imagej.html
http://www.dentistry.bham.ac.uk/landinig/software/software.html
http://www.mcdb.ucla.edu/research/hartenstein/software/imagej/index.html
http://www.gcsca.net/
http://www.ini.unizh.ch/Eacardona/trakem2.html