2012年10月21日

用tracker分析植物生長動態

今天bell5在噗浪說,她買了一個縮時攝影的新玩具,拍了韭蘭在光線下的動態,她想要算影片中某一葉片位置的改變速率(角度/時間),問說有沒有方法可以做。

一開始我想到的是用imageJ來作,不過後來想到在解析影片動態,其實 Tracker更好用。

Tracker是個物理分析的軟體,可以用在解析自由落體運動,彈性碰撞運動等,分析物體的xy 及速度、角度等變化。最近看到還有可解析長度、亮度、RGB、向量等的功能。

下載網址
http://www.cabrillo.edu/~dbrown/tracker/

若要解析某片葉子角度的變化,最好是有參考點,不過因為是試拍所以沒有想那麼多。若要做參考點,可以仿照我這篇,用油性筆等距標示,這樣有利於後續分析。

雖然沒參考點,但是還是量一下角度,用軌跡/新增/測量工具/量角器
選單_002


有一點要注意,因為要看的是隨時間的動態變化,所以要把量角器選單中的固定勾勾 拿掉
韭蘭角度變化




在每個影格量好角度之後,要進入下一影格,可以按下鍵盤中的PageDown或是影片下方有個向前一幀的按鈕。如果是測量質點的改變,Tracker這套軟體可以設定自動跳到下一幀,但因為是測量角度,所以得手動。如果覺得每幀測量一次太麻煩,也可以把那個數字改成大一點,例如改成10就變成每10幀測量一次,這樣你按下PageDown的時候,就是跳到下個10幀。
Tracker_005


我測量其中一片葉子的角度改變,測量的結果,就如右上角的圖。在圖上按右鍵,可以儲存圖片,或是按下分析,可將數據做進一步處理或存檔。


韭蘭角度變化









如果影片當中的植物動態具有參考點的話,那麼就可以做路徑分析了,我下載了這個影片
Tropism Experiment by Cameron Wright來分析

我用某株最上面的葉尖來分析,影片中的光線每12小時會變換一次方向,所以做出來的圖形就會歪來歪去。因為有參考點,所以我測量的方式就是用軌跡/新增/質點

每次測量時要按下shift,再按下滑鼠左鍵,因為有設定自動,所以就會自動跳到下一幀
螢幕擷圖存為 2012-10-21 18:36:27

按下圖形座標軸的t或x,可以有更多的選擇,像是呈現y或是速度、角度等
選單_006


也可設定同時呈現1張到3張圖。下圖是同時呈現xt圖、yt圖和xy圖。
  螢幕擷圖存為 2012-10-21 18:42:23