最近看到一篇論文，是發展了一套Imagej的套件PAT-GEOM，可以用在分析生物身上的斑紋、花紋或條紋（以下這些統稱為樣式，patten)。
論文網址：
https://besjournals.onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/2041-210X.13131
我仔細翻閱實作後，覺得是很有用的工具，以往我們在分析這些樣式的時候，通常也只分析面積有多大、顏色是什麼，再不然就只能說這個和那個「看起來」像，或是「看起來」比較亂...。其實不是我們分析的時候不想量化，而是根本舊不知道怎麼量化這些東西。我很高興能看看到這套工具，而且論文和guide都寫得很清楚，不僅能學習工具怎麼使用，也知道測量的原理和分析之後可以拿來做什麼，同時也提供了分析的例子，讓使用者能弄清楚工具的使用。
這套工具能檢測量化的項目有七項，包括樣式的形狀、方向性、尺寸、對比、分佈、整體樣式的分佈、隨機性等。在作者的網站上可以下載這個套件，也有使用說明和範例可以下載
http://ianzwchan.com/my-research/pat-geom/
安裝順序
1.安裝imagej（或是fiji)
2.將下載的套件解壓縮後放在imagej的plugins資料夾中
3.前往以下網址，下載橢圓傅立葉分析的套件。下載後一樣放在plugins資料夾
http://imagejdocu.tudor.lu/doku.php?id=plugin:analysis:fourier_shape_analysis:start
4.啟動imagej
5.在imagej工具列的Plugins最底下可以找到PAT-GEOM的選項
以下是這套工具能夠分析的項目說明，以及分析的例子。
除了以下文字說明外，我也錄製影片來說明分析方式和例子
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一、形狀(Marking shape)
分析方式：利用橢圓傅立葉分析(Elliptical Fourier analysis)將樣式的形狀做量化。先將要分析的樣式圈出後成封閉的曲線，然後用橢圓傅立葉分析去用大量的函數擬合那個封閉曲線。這些擬合的函數都會有量化的數字，這些數字越接近，代表樣式越相似
例子：
比較杜鵑鳥和其宿主的蛋殼表面花紋
比較兩族群生物的樣式平均形狀，例如長頸鹿
鑑定有特殊色彩斑塊的個體（例如鯨鯊）
比較螃蟹甲殼上斑塊和背景的差異
二、樣式的方向性（Marking shape directionality）
分析方式：各個樣式的長寬比例和方向
例子：
比較食蚜蠅和黃蜂的身體條紋
比較動物身上的條紋和其背景的條紋（例如斑馬）
測量在基因調控下或是選汰壓力下的蝶翅眼點形狀
測量老虎的條紋的差異
三、尺寸（Marking size）
分析方式：除分析樣式的面積外，也會計算形心（幾何中心，Centroid）到樣式邊緣的距離平方總和，再平均之後取平方根的值（averaged centroid size）
例子：
比較人造的獵物和其模擬的對象差異（例如帝王蝶的捕食者實驗）
比較兩個不同族群的生物斑點尺寸的差異（例如七星瓢蟲的斑點）
比較動物和其背景的形狀尺寸
四、對比（Pattern contrast）
分析方式：使用變異係數(Coefficient of variation)，用標準差除平均值的值。當對比越明顯，變異係數就越大
例子：
測定比目魚身上的色彩斑塊是否符合隨機取樣的背景基質
比較某一動物的兩個不同區域差異（例如會變色的花枝）
五、分佈（Marking distribution）
分析方式：像素陣列（Pixel matrix）。把生物的整個表面的樣式做成二值化影像（樣式處為1、其餘為0），成為Pixel matrix。把不同個體體表的樣式都做成Pixel matrix之後，可以疊加在一起成為單張圖，即可觀察「這群生物合起來的樣子長什麼樣」
例子：
將一整個族群的生物的「平均樣式」視覺化，例如把一群螃蟹的背甲做成pixel matrix看「這群螃蟹背甲長什麼樣」，觀察不同族群之間的差異
設計擬真的獵物，例如設計海參的警戒色樣式，取得一群海參的平均像素陣列後，觀察海參的平均樣式長什麼樣。
六、整體樣式分佈的方向性(Marking distribution directionality)
分析：分析體表全部的斑塊的角度和排列方向
例子：
在選汰壓力下，某個族群生物的斑塊是否會發展成線性排列（例如某些魚類體表的斑塊排列，或是蝶翅上的斑塊、眼斑）
比較兩種生物是否有相似的身體形狀
七、樣式的隨機性（Pattern randomness）
分析：將樣式存成GIF，用檔案的尺寸來表示隨機性。由於GIF檔案壓縮的特性，越隨機的圖樣，檔案尺寸會越大，因此可以用檔案的尺寸來代表隨機性
比較同種生物的不同型態的樣式（例如彩虹䗉螺Umbonium vestiarium此種生物具有多種不同的斑紋）
測定擬態的品質（例如杜鵑鳥和其宿主的蛋殼、岸蟹和其棲息的背景）
