使用imagej的plugin TrackMate追蹤細胞

最近一個網友來信問用imagej追蹤細胞的問題，他的材料是一群T cell。在fiji的plugin中，有數個做tracking的plugin，設定最簡單的應該是MTrack 2，不過我一直沒有用這個東西做成功，而且MTrack2的網路資料也好少，很難找到參考文章。

所以後來我用一個設定很複雜的plugin，叫做TrackMate。雖然設定很複雜，但是還好有夠多的文章可以看怎麼做。例如這個 Getting started with TrackMate

做細胞或是物體追蹤的流程，大致上是這樣，要先偵測追蹤的物體在哪，然後把不同frame的同一物體辨識出來成為一個track。

其中還會遇到一些問題，比方說有些物體在某些frame會消失或是快速移動，想像一下拍攝車輛的影片，可能車輛會突然加速或被遮擋。或是某些物體會在途中突然變成兩個，例如細胞分裂的時候，從一個細胞變成兩個細胞。上述這些問題在TrackMate中，都有解決的方式，不過以下的教學影片就沒講到這個東西，反正還沒遇到。


在影片中會提到偵測物體的演算法，有幾個如下。不同的方法偵測的物體，各有所長，也些適合偵測大的，像是The Downsample LoG detector，而DoG detector就適合偵測小的。

1. DoG detector：對於小尺寸(5 pixels)的追蹤很快
2. LoG detector：5~20 pixels
3. The Downsample LoG detector：大於20 pixels

詳細的處理就請看影片