imagej課程：DeepImagej

DeepImagej

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在fiji安裝

1. 到Help > Update...安裝DeepImageJ
2. 執行Plugins › DeepImageJ › DeepImageJ StarDist或Plugins › DeepImageJ › DeepImageJ cellpose

安裝後還需要兩步處理

1. 第一次使用時，會先要求你接受安裝python，按下允許後重新再啟動。

2. 但安裝python後第一次執行可能出現error，這問題可能來自共享記憶體的實作有問題。需要手動換掉 Fiji 中的 JNA 函式庫，作法如下

   1. 到官方 JNA GitHub：https://github.com/java-native-access/jna下載 JNA 最新 release（建議用 5.12.1 或以上）找到最新版本的jna.jar和jna-platform.jar
   2. 把jna.jar和jna-platform.jar放進： Fiji.app/jars/，若該資料夾已有舊版 jna.jar和jna-platform.jar，請先備份並移除(如果你安裝過ffmpeg，會安裝舊版的，請記得保留)。

使用已訓練的模型

安裝後預設可以使用cellpose和stardist兩類推論模型，但要再選擇特定已訓練的模型權重檔，例如cyto3之後，先按install下載，再去run執行。除此之外還可以在bioimage.io下載模型使用