最近被諮詢了兩個imagej的分析案例，雖然影像和目的需求都不一樣，但分析的手法卻是雷同的，都牽涉到高斯模糊。
什麼時候會用到高斯模糊呢？「瞇著眼睛看，好像就會看到答案」的影像，應該都會用到高斯模糊。這個對有近視但沒戴眼鏡的人最有感覺了，當你看到一個人，但是你並不想注意她的眼睛鼻子長什麼樣子，你只想關注他的外型輪廓、體型、身高等特徵，那麼你把眼鏡拔下就有高斯模糊的效果了。
案例一，左圖是一個SEM的圖片，提問者想要分析平滑區域和有孔洞的區域兩者面積的差異。這個案例需要先把兩個區域切割清楚，但如果直接用灰階值做閾值的劃分，一定會有誤。
仔細看看這張圖，如果你瞇著眼睛看，不要把細節看得那麼仔細，就會變成右圖。你就會發現那就是分析的目標了。
方法是先將影像做高斯模糊，可以消除細節，呈現輪廓
Process › Filters › Gaussian Blur...
再做中值濾波
Process › Filters › Median...
第二個案例是研究珊瑚的年層線，左圖可以看見珊瑚切片上一圈一圈的年層線，如同上例，也是瞇著眼睛消除細節後，就比較能明顯區分出來。
方法一樣是先做高斯模糊，然後再做尋找邊緣等分析程序。
run("Gaussian Blur...", "sigma=5");
run("Find Edges");
setMinAndMax(0, 10);
setOption("BlackBackground", false);
run("Convert to Mask");
run("Dilate");
run("Erode");
run("Erode");
run("Despeckle");
run("Find Edges");
setMinAndMax(0, 10);
setOption("BlackBackground", false);
run("Convert to Mask");
run("Dilate");
run("Erode");
run("Erode");
run("Despeckle");