2007年9月7日

以ImageJ手動挑選計算面積

前幾天一位網友來信問一個ImageJ的使用方式。他作某種哺乳動物的消化道潰瘍研究,需要計算潰瘍處的總面積。

如果用我先前提到計算葉面積的方式去作,很難成功。因為拍攝的照片的亮度不一、潰瘍的顏色也不同。用同一個Threshold無法將所有的潰瘍處選出來,所以必須手動去挑選出需要的面積,不過還是會用到Threshold的設定。

在經過他的同意之下,我用他寄給我的照片在這作說明。


以ImageJ開啟之後需要的圖檔,圖中深色的部位即是要計算的區域,我第一個要計算的是中間的潰瘍
File-->Open


調整為灰階
Image-->Type-->8 bit


開啟Threshold
Image-->Adjust-->Threshold


開啟ROI Manager
Analyze-->Tools-->ROI Manager


透過調整Threshold讓大潰瘍區域變色



用工具列的第八個Wand tool去點一下中央大潰瘍,點了之後就會在那個區域外面出現黃色圈選區(如上圖)


也可以是調整Threshold讓大潰瘍區域不變色,而其他區域變紅色。


選出第一個區域之後,在ROI Manager按下Add,就會出現第一個圈選區的資料


接著處理左下角的幾個小潰瘍,調整Threshold讓小潰瘍變紅色,然後用Wand tool點選。每點一次,就要到ROI Manager去Add一次。



將四處的潰瘍加入了ROI MAnager 之後就是要計算面積了。當然在一開始之前,應該先設定比例尺,才能算出正確的面積。要計算面積只要點選Measre就可以了


點了之後就會出現Results 視窗,Area那一欄就是各處潰瘍的區域面積。